命部将虞丘进与刘钟率二千人守城，刘裕自己带着一千人潜伏在城外，作为游军袭扰。
虞丘进，当年参加过淝水大战，官封关内侯，是沙场宿将；刘钟镇北参军督护，追随刘裕，作战勇猛，有这两人守城，刘裕自可放心离开。
孙恩大军呼啸而来，将句章新城围得水泄不通，孙恩以为两日之内便可夺取句章新城。
大战开启，结果却出乎孙恩的意料。句章新城虽小，修筑得却十分结实，因为城小所以大军无法展开，相反城中守军却能集中力量防守。
而且刘裕驻军句章时，善待城中百姓，发放军粮赈灾，约束麾下秋毫不犯，深得民心。
孙恩攻城，城中百姓齐心帮着守城，而刘裕在城外也得附近的百姓通风带路，得以了解孙恩设下的埋伏，迅速地摆脱追兵。
一连数十日，句章新城无日不战，虞丘进和刘钟身先士卒，身受多处伤，仍然坚守在城头。
刘裕在城外，忽东忽西，或南或北，神出鬼没地袭扰乱军，孙恩多次想困住这伙跳蚤，都不能成功，刘裕的名字被孙恩牢牢记在心里。
上虞城，刘牢之亲自坐镇于此。得知孙恩乱军六七万人登陆，浃口很快丢失，当即下令各地严加戒备，召集驻守在山阴、沪渎等地的高雅之、桓不才等人，准备聚集兵马与孙恩决战。
刘敬宣向父亲请求率军救援句章刘裕，刘牢之认为，句章城城小兵少，逢孙恩数万大军围困必不能保，等援军到达恐怕早已城破，反而容易被孙恩各个击破，不如聚齐大军才出兵。
虎疁一战，刘敬宣对刘裕之勇铭刻在心，认为刘裕不会轻易被孙恩所灭，派出侦骑前往句章打探消息。
得知句章城坚持十余日依然坚守，刘牢之深为震动，对刘裕之骁勇深为叹服，当即令刘敬宣率三千精锐南下救援句章。
乱军久攻句章不下，孙恩得知北府援军即将到达，无奈之下，只得带着麾下从浃口登船，再次退回
海上。
刘敬宣率军赶至句章城，见城墙布满刀箭痕迹，护城河被染成红色，可以想像守城之难。
见到刘裕之后，刘敬宣大为叹服，认为北府军中无人能出其右，刘裕必成大气。
因此，刘敬宣折节下交，与刘裕倾心交好，以他的身份与名声，刘裕自然求之不得。
退回海上的孙恩，稍加整顿之后，于三月再次登岸。这一次孙恩没有选择浃口，而是选择了会稽北部的吴郡海盐县。
海盐是吴郡所辖，刘牢之督五郡军事，吴郡不在其中，孙恩之所以选择海盐也是想避开北府军。
孙恩兵分两路，亲率大军攻打海盐县，令部将张骠驻守呵浦，阻挡救援的北府军。
通过句章一战，刘牢之决定重用刘裕，认为刘裕之勇守城有些可惜，任其作为先遣，攻坚克难。张骠驻守呵浦，刘牢之命刘裕率军破之。
刘裕部将虞丘进先行到达呵浦，战败张骠，刘裕没有继续北进，而是呵浦坚守。
孙恩得知呵浦丢失，派部将姚盛统军一万夺回呵浦城。
刘裕于两千麾下中选取敢死队六百人，脱去甲胄，手持直刀，从城中鼓躁而出，杀向万人乱军。
乱军见刘裕一副拼命的架式，乱成一团，纷纷弃甲而逃，刘裕趁机掩杀，阵斩姚盛。
孙恩得知姚盛身死，派妹夫卢循领军两万前去报仇。刘裕知贼军必来，此次定然准备充分，自己要以两千兵马抵御，几不可能。
刘裕想起民间传说三国时蜀汉丞相诸葛亮以空城计破敌，便令城中偃旗息鼓，自己带着精锐藏于城中，只留老弱数十人防守。
卢循带大军来到，见城门大开，城头几名老军，得知守军已撤的消息，便放心大胆地率军进城。
贼军兴高采烈地进城，准备大肆抢掠，不料刘裕带兵冲出，乱军猝不及防，四散奔逃。
孙恩得知再败，生恐北府军主力到达，从海盐退走，兵分两路北进吴县。一路是水师，前往沪渎；一路走陆路，由海盐北上，两路于松江汇合后西进吴县。
海盐县令鲍陋见乱军退走，认为乱军不过是些乌合之众，派儿子鲍嗣之率千人来见刘裕，请求作为先锋追击孙恩。
刘裕劝说道：「贼兵久经兵战，精锐异常，三吴人士久不经战阵，恐不知贼。若前锋失利，我军兵力不足，席卷之下必使全军战败，还请你率兵殿后，作为声援。」
鲍嗣之见刘裕麾下不过两千人，能两次击溃乱军，孙恩乱军绝不像刘裕所说的那样精锐，一再恳请，刘裕只得答应。
四月二日，鲍嗣之率军与乱军战于沪渎之南，兵败身死。刘裕配多备鼓，虚张声势，徐徐后撤。
贼军将领徐道覆趁机掩杀，刘裕抵挡不住，向后败逃。逃至事先伏兵处，刘裕一面命残兵脱下死者衣甲，一面整兵列阵，高呼「再战」。
徐道覆见两山夹一沟，地势险要，担心山间有伏兵，于是领军退走。刘裕收拾残兵退守海盐城。
没有了刘裕的追扰，孙恩集结大军围攻沪渎垒。吴郡非刘牢之统辖，没有朝庭旨意，刘牢之无法率军救援。
京城，司马元显认为吴郡有兵马近五千，沪渎垒防御森严，乱军难以攻克。
五月十八日，乱军攻陷沪渎垒，吴郡内史袁崧及四千多守军战死，孙恩纵军大肆劫掠。
六月一日，得到补给后的乱军，在孙恩的率领下由海上时入长江，突袭丹徒城。此时，乱军已有战船千余艘，部众十余万。
六月二日，京城全面戒严，以司马元显为首的文武官员全部住进西堂。
司马元显命冠军将军高素驻守石头城；辅国将军刘袭用木栅截断
秦淮河入江口；丹阳尹司马恢之在长江南岸布防；骠骑大将军府咨议参军及司马桓谦驻守白石城；左卫将军王嘏领中军保护宫城；急召豫州刺史谯王司马尚之率军返京协防；镇北将军刘牢之从山阴率军救援。
京城告急，大乱已起，正是大浪淘沙之时。