急忙组织部曲，发放军械，想要起兵对抗刘裕，此时刘毅已率军杀至。刘毅所部是北府精况，刁家部曲很快战败，刁畅、刁弘被杀，身在家中的刁云、刁锋等人亦被斩杀。
不到子时，刁家便覆灭，京口已定。刘裕尽起刁家粮帛犒军，刁家积财如山，多不可数。刘裕下令将刁家财物堆积庄中，让百姓自去取用，居然数日取之未尽。
京口百姓欢天喜地，对刘裕义军大为拥戴，纷纷投身入伍，一个时辰不到便募得青壮一千多人(2)。
对于刘裕来说，时间便是生命，募军的同时刘裕招揽才力之士助己。何无忌推举刘穆之为主薄，处理文案事宜。
刘穆之住在城外，听到京口城内嘈杂声起，奔到路口观望形势。正好刘裕招揽他的信使来到，刘穆之思之再三，率家族追随刘裕讨桓。
刘简之素有才干，刘裕起事之前就想邀其加入，可是两度前往都遇刘简之招待宾客，无奈只得回返。刘简之见刘裕两度前来，发觉不对，命其弟刘虔之前往京口拜访刘裕。刘虔之赶到京口时，刘裕已经占据京口，刘简之闻报，宰杀家中耕牛募聚青壮，饱餐之后率领他们加入义军。
东海徐羡之，与刘裕是好友，得知刘裕起义军，前来投奔；刘怀肃，刘裕从母弟，任费县令，弃官来投；刘怀肃之弟刘怀慎亦来投奔；刘粹，刘毅族弟，素有才名，刘裕派人相邀，刘粹欣然来投。
刘裕知道抚军参军朱龄石以武勇著称，与桓修情如兄弟。桓修已死，刘裕命人厚葬，派人前去请朱龄石相助。
使者来到朱龄石住处，发现早已人去屋空，回报刘裕，刘裕以为朱龄石不满其杀桓修才弃官而逃，感叹几声亦不追寻。
长江之上，朱龄石站在船头望着京口方向愁眉不展，黄富上前道：「石郎君，船要开动了，请回舱中歇息吧。」
朱龄石叹道：「此一别，不知还能否再回京口。」
黄富充满信心地笑道：「我家主公英明神武，胸怀远略，心存仁德，定能平定四方，安定天下。」
此次奉命前来京口，黄富对杨安玄算无余策深为佩服，京口刘裕果如主公所料
兴军讨桓。
得到消息之后，暗潜在京口丁全直奔朱龄石家中，他曾随孟龙符与朱龄石在一起喝过酒。丁全将刘裕是杀死桓修主使告诉朱龄石，邀朱龄石前往襄阳。
朱龄石原本以为是何无忌杀人与刘裕无关，待得知实情披甲上马要去斩杀刘裕报仇。广陵刘毅等人率军赶至，朱龄石知道已无能为力，只得同丁全前往码头。
丁全将朱龄石送上黄富的船，继续留在京口不提。
京口、广陵起事一帆风顺，然而建康内应却出了问题。
刘裕听孟昶所言派人暗中联络刘迈在京中起事，刘迈应允，因他在京中地位高于王叡等人，王叡、王懿、辛扈兴、童厚之等人便推举刘迈为首领。
众人暗中商议，因为桓玄喜欢游猎，经常冒夜出入，可以找准机会暗杀。
二月二十六日，刘裕派陈留周安穆前往京城通知刘迈等人起义的时间，刘迈震惧不已，惊惶现于颜面。
周安穆见状，认为刘迈难以成事，迅速返还京口报告刘裕。
二月二十七日，朝庭下诏以刘迈为竟陵太守。刘迈思之再三，认为正好借机脱身，准备连夜乘船前往竟陵。
恰逢桓玄想了解北府军的情况，夜间让人送了封信给刘迈，问及北府军的情况，以及他最近见刘裕说了什么？
刘迈吓破了胆，以为阴谋已经泄露，第二天一早便入宫觐见，将刘裕等人要在京口、广陵、历阳等地起事反桓的情报全盘交待。
桓玄惊得魂飞魄散，从东宫返还西堂，命文武百官入居台省，急、诏桓谦、卞范之等亲信前来商讨平叛之事。
惊魂稍定，桓玄下旨加封刘迈为重安侯，命人前去抓拿同谋的王叡、辛扈兴、童厚之等人，王叡的弟弟王懿听到动静不对，乔装从后门逃脱。
等到王叡等人抓住，桓玄下令将刘迈与他们一起斩首，罪名是刘迈没有立刻抓住周安穆，心存观望，不知刘迈黄泉之下做如何想？
桓玄派出信使前往历阳，告知刁逵豫州参事诸葛长民将反，刁逵得信后拿住诸葛长民，关进监牢。
桓谦、卞范之赶到东堂，桓玄将刘裕等人起兵之事告知。桓谦建议火带发兵平定叛乱。
可是桓玄却想以逸待劳，屯军于覆舟山，等刘裕大军到来，届时再以水师偷袭京口，发动三吴士族袭扰京口后方，这样三面合围，刘裕不攻自破。
卞范之力谏不可，赞同桓谦出兵平乱的建议。桓玄下以扬州刺史、新安郡王桓谦为征讨都督，东兴县公殷仲文接替已死桓修为徐兖刺史，让顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷整顿兵马，准备攻打京口。
京口，众人齐聚刺史府大堂，推举刘裕为盟主，掌徐州事；以孟昶为长史，镇京口；檀凭之为司马；刘穆之为主薄；彭城主薄刘钟统率新投军的青壮。
刘裕传檄天下，历数桓玄篡逆，声称江州刺史郭昶之在寻阳拥立天子复位，益州刺史毛璩夺取江陵，雍州刺史杨安玄攻占梁州，镇北参军等人占据石头城，扬武将军诸葛长民夺取历阳。
二月二十九日，刘裕率军西进，占领竹里，山河风云突变，大战一触即发。