长江经建康城西这段总体由南往北方向，从长江进攻建康的路线有几条：其一，从新亭登陆，走朱雀门攻打建康城宣阳门，当年桓玄便是这条路线；其二，由新亭北上，由淮口入秦淮河西端口，秦淮河与青溪、运渎沟通，环绕建康城四周，进入秦淮河意味着可以从建康城任何一个方向发动进攻；其三，过淮口继续前往西北的石头城，取石头城后可以进攻建康城西面的西明门；其四，过石头城继续往北，至白石垒登陆，控制建康城北，舰队可入玄武湖由北进攻。
刘裕为应对卢循的进攻，在新亭通往朱雀桥之间筑越城坞，派建武将军王仲德率军驻守；在淮口立查浦坞，以参军徐赤特防守；石头城，最为重要，既可扼守建康城西面，南下可援淮口，北上则救白石垒，是中枢位置，刘裕准备亲自防御，刘穆之、刘怀慎、沈田子、沈林子等人跟随，刘怀慎是刘裕从母弟(姨母之子)，刘怀肃三弟；在前往白石垒的江道弯处卢龙山下立廷尉寨，以刘敬宣率军屯守；丹阳郡由参军禇叔度镇守；广武将军刘怀默守建康城东建阳门，建康城北华林园中立药园坞，以龙骧将军虞丘进守护。
此次伐燕刘裕缴获千余披五色虎斑甲的南燕铁骑，刘裕让宁朔将军索邈统率，在淮口与新亭之间驰骋，扬起尘土以做疑兵。
八艚舰，卢循望着东岸滚滚烟尘，心生疑虑。船舰上乱军亦望着长长的烟“龙”窃窃私语，不少人面露畏惧之色。
徐道覆大步登上船顶，兴奋地道：“卢公，请下令全军在新亭白石(1)登陆，破釜沉舟，夺取建康城。”
卢循指了指扬起的烟尘道：“刘裕事先伏下轻敌，不可轻敌冒险。据细作报，大军未至尚书左仆射孟昶望风自杀，这表明朝廷内部不稳，我等只需屯军于此，保持威压之势，朝廷自会派人请降。何必要与朝廷兵马决一死战，损伤兵士，且按兵待变。”
徐道覆见卢循下令，让舰队前往停驻在蔡洲(2)。徐道覆仰天长叹道：“临战不决，我等恐死无葬身之地。”
查浦坞上，刘裕见乱军船只在新亭停往，脸色大变，环顾左右道：“贼人若从新亭登陆攻打建康城，其势不可当，只有退让，固守建康城待援。”
焦急地眺望着江上船舰，看到船舰回航停靠在蔡洲，刘裕长出一口气，笑道：“没事了。”
五月十五日，刘毅狼狈不堪地逃回了建康城。桑落洲战败后，刘毅逃往南岸，生恐被敌追击，专走蛮荒之地，随从数百人因饥饿疲惫陆续身亡，跟他一起逃回建康的只剩下十之二、三。
刘毅自知罪大，前往廷尉投狱，上疏请罪。刘裕得知刘毅自入廷尉待罪，亲往廷尉将刘毅接出。
刘毅惭愧难言，深躬到地，刘裕扶起刘毅，道：“希乐兄，胜败乃兵家常事，不用过于在意。贼军攻城，还需倚仗希乐兄为国效力。”
看着刘毅羞愧难言，刘裕心中畅快，他真想借这个机会严惩刘毅出出恶气，不过孟昶饮药自尽给他造成巨大舆论压力，再若惩处刘毅越发有人说他不念旧情，排除异己。
刘毅上朝向天子请罪，自请贬谪。琅琊王以天子名义下诏将刘毅由“卫将军”降为“后将军”，刘裕奏请授刘毅知中外留事，协助琅琊王守护建康城。
卢循在蔡洲驻扎了数天，徐道覆数次请战都被卢循所阻。卢循判断京中自乱的情形并没有发生，而北伐归来的兵丁经过数日休整，充实到城池、坞寨中，建康城的防御力量大大增强。
卢循发现朝廷并没有派使者前来，知道打错了算盘，让徐道覆率军攻打石头城。石头城四周立起栅栏，刘裕在城头布下万钧神弩，强弩将进攻的船只撕裂、沉没。
卢循于是派出船只绕过石头城北上，声称要全力攻打白石垒，将精兵暗伏在南岸。
刘裕中了调虎离山之计，准备带着刘毅救援白石垒，让沈林子镇守石头城，参军徐赤特戍守查浦寨阻截乱军，严令他们死守，不可应战。
沈林之劝道：“贼军广为张扬攻打白石垒，恐怕有诈，主公不宜前往白石垒。”
刘裕道：“石头城地势险要，淮口有查浦防御，有敬士(沈林之字)你在此主持，只要你不出城相战，愚可放心前去。”
…………
建康城外战火连天，襄阳城内却是歌舞升平。