刘裕回到建康，暗潮浮动的京城立时变得安稳下来。
正月，刘裕马不停蹄地前往京口检阅新军，然后前往彭城、寿春等地视察；然后前往三吴之地鼓励农耕，至船场查看舰只营造，从门阀手中要到一批战舰；接连六十余天都奔波于路上。
三月九日，刘裕回到建康，准备再率兵马前往江陵与杨安玄交战，不料积劳成疾，卧病不起。
此次刘裕病得不轻，吕太医诊脉之后面露难色，萧太后问疾之后，让刘裕召长沙王刘道怜、录尚书事司空徐羡之、新任尚书左仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济等人入宫，照顾医药。
谢晦向天子刘裕建议向神灵祈祷，刘裕拒绝，仅让侍中谢方明到祖庙焚香祭告；病情稍微减轻，刘裕便在病榻之上处理朝政。
三月十七日，刘裕出现在东堂，接受群臣朝贺，大赦天下。
三月十九日，徐州别驾、宁朔将军刘式之急报，刁逵之子刁弥聚数百众作乱，焚毁停泊在京口水寨中的船舰八十余艘，往广陵方向逃窜。
当年刘裕灭刁家，刁弥恰巧在外，躲过一劫，躲在江淮之地不敢露面。刘裕与杨安玄争雄，处于下风，回转京城后染疾的消息传出，人心浮动、流言四起。
刁弥得到消息，认为刘裕命不久矣，正好趁此时报灭门之仇，于是网罗了百余名部曲潜至京口。
本打算学当年刘裕京口起义那般先夺取刺史府，砍下刘道怜的人头，然后关闭城门以奉天子司马德文旨意讨伐刘裕征召兵马，能战则战，不能战则从海路逃往北青州，到了洛阳总能得个一官半爵。
设想得很完美，真到了京口发现徐州刺史府戒备森严，自己所率的百余人估计连府门都杀不进去。
而且刘裕病重，召徐州刺史刘道怜入宫侍疾，京口由别驾刘式之理政，京口南还有万余招募的新兵，贸然发动恐怕是肉包子打狗。
刁弥见无机可乘，准备乘船过江，见宋军水寨纷乱不堪，船舰出入无序，于是趁夜放火，不想点着了半边天。
刘裕怒不可遏，好不容易从三吴之地征得二百艘战舰，还未出征便损近半，真是大触霉头。
刘式之是刘穆之次子，看在刘穆之的情面上刘裕没有严惩刘式之，只是下诏严斥，命其与驻守广陵的司州刺史范元之合力抓捕刁弥。
刁弥不过是疥癣之疾，刘裕本没有太放在心上，以为三五日便能剿灭，哪料刁弥流窜于江河之上，召聚亡命之徒，抢掠商贾劫取财物，半月之间居然聚兵超过千数，范元之、刘式之疲于奔命，不能剿灭。
刘裕大怒，任命檀道济为镇北将军、南兖州刺史，坐镇广陵，督淮南诸军；司州刺史范元之前往合肥驻守。
檀道济到任之后，于江河交汇之处立戍楼水寨，分兵驻守，焚毁叛军船舰。很快，刁弥被斩，叛众被平灭。
正当刘裕准备再度出征之际，宜都王刘义隆奏报，汉寿伯、辅国将军沈林子病重。
刘裕揽奏伤怀，沈家五子中老大沈渊子与长女婿徐逵之殁于征司马休之之战，老三沈田子丧于沈庆之之手，他最为看重沈林子，不料他也病重。
联想起虞丘进、刘钟、向弥等人，刘裕老泪纵横，悲不自胜。徐羡之等人忙上前劝解，刘裕下旨命沈林子到江陵城中好生养病，太医院派遣良医前往江陵为沈林子医治，每日将沈林子病况随战报一同送来。
是夜，刘裕再度卧床不起，病情沉重。这次吕太医束手无策，刘裕自知难逃一劫。
这日精神尚可，刘裕命人叫太子刘义符前来觐见。足足等了半个多时辰，刘义符才匆匆赶至。
刘裕染疾，徐羡之等重臣住进宫中侍疾，刘义符无人管束，将龙舟移至天渊池（天泉池，今鸡鸣山南古台城内），白天玩乐、晚间便宿在龙舟之上。
在他看来，父皇虽然生病，过些时日便会像以前那样好转，父皇英明神武，白手起家拥有天下，他只要在父皇身后享受荣华富贵就好了。
刘裕召他之时刘义符尚在天渊池玩耍，骑马匆匆赶来一路上想好了应对之语，入西堂拜见，抬头看到刘裕白发苍苍，面容枯槁，与印象中红光满面、精神矍铄的父皇迥异。
刘义符并不是傻瓜，看到刘裕这副形容亦感不妙，父子连心，趴在锦榻上抱着刘裕放声痛哭。
刘裕其实知道刘义符在外玩乐，本想痛斥他一番，见儿子如此悲切，心中一软。抚着刘义符的头顶，刘裕叹道：“车兵，人终有一死，不必太过悲伤。”