得知是雍州兵马参战，卢循长吁短叹，萌生退意，想从鄱阳湖顺赣江返师始兴城。
徐道覆气急，拍案怒道：“卢公，刘毅新败，伐燕大军尚未回返，建康城中兵马不足万人。我等有大军十余万，战舰二千余艘，水中战舰，陆上车马连绵百余里，岂因小挫回师。”
卢循捊着胡须沉吟，又开始犹豫不决。
徐道覆愤然掀翻案几，指着卢循骂道：“卢于先，愚终将为你所误，若将你换成杨安玄，建康城早在愚的手中。你若想回师番禺，还不如早些自缚前往建康授首伏法来得痛快些。”
卢循讪讪地道：“道覆莫要动怒，如此大事愚当然要思量周全。就依你，明日兵发历阳城。”
五月八日，刘毅兵败的消息传至建康城，朝野上下动荡不安，不少人携家带口出城避难。
五月九日，徐道覆率师攻打历阳城。豫州主簿袁兴国得知刘毅兵败，准备响应贼军。琅琊内史魏顺之得知，派扬威将军谢宝入城杀袁兴国，袁兴国亲卫袭杀谢宝，率军攻打魏顺之。魏顺之弃历阳城逃走，徐道覆取历阳城。
刘裕得知魏顺之逃走，怒斩魏顺之。魏顺之是魏咏之的弟弟，魏咏之曾随刘裕京口起兵，是刘裕的亲信，魏咏之逝后，刘裕对魏家人很是照顾，此次斩杀魏顺之，让不少人生出畏惧，不敢怠命。
从历阳城逃回的败兵惊恐地讲述卢循大军的强盛。十万大军变成了二十万、三十万，战船铺满了鄱阳湖，封堵了整个江面，从历阳到浔阳连绵数百里。
刘裕让天子下诏大赦，以重赏募军，征调百姓修筑石头城，加强防御。
五兵尚书董怀道：“建康四周有石头、西州、东府、白下、琅琊等城拱卫京城，可派兵分守津要。”
刘裕摇头道：“董尚书此议不妥，贼从我寡，若分散兵力，恐不能敌。若一处失利，全局俱动，不如聚众固守石头城，随机应变。贼人若来，亦分不清城中虚实，亦不敢分兵出击，等到北伐军归来，再分驻各城不迟。”
孟昶旧事重提，谏言保护天子渡江前往广陵城暂避。
刘裕坚决不同意，道：“广陵城防御不足，根本无法跟建康相比，建康城兵马虽少，却能依城一战，过江之议不妥。”
五月十一日，北伐将士渡江归来，这多少让建康城内恐慌的气氛降低了许多。
刘穆之随同将士一同归来，刘裕看到他一身尘土，满身疲惫。算算行程从他离开下邳到现在不过才二个来月时间，刘穆之要先处理好广固城收尾事宜，再从广固城出发追上南归的大军，这一路兼程辛苦可想而知。
“道和，你且歇息，有话明天再说。”刘裕感动地道。
刘穆之的脸上满是灰尘，被汗水冲成一道道污痕。放下手中茶壶，刘穆之痛快地打了个嗝，道：“无妨，主公命人备下些吃食，仆吃完有事向主公禀报。”
刘裕挥手示意，旁边的侍从快步出外安排。片刻功夫，刘穆之面前案几被换成宽大的条案，各种美食流水般地送了上来。
刘穆之笑道：“仆生性好吃，让主公见笑了。”
刘裕举杯道：“以道和之才，莫说些许吃食，便是金山玉山也可安享。愚敬道和一杯。”
刘穆之下箸如飞，大块的羊肉、红烧的猪肉、清蒸的鳜鱼就着大盆的面饼消失在刘穆之的口中。
刘裕慢慢地饮着酒，微笑地看着刘穆之狼吞虎咽。
一刻钟后，刘穆之放下筷子，拍拍肚子笑道：“总算吃饱了。”
案席撤下，刘穆之喝了两口热茶，道：“主公，仆回来之前斩了韩范和封融，这两人意图谋反。”
刘裕愣了一下，韩、封是南燕的大姓，韩范、封融更是主动投降他的燕国大臣，斩了这两人会不会引发暴乱，此时京中风雨飘摇，北冀州再出事就雪上加霜了。
不过，他对刘穆之极为信任，刘穆之这样做肯定做好了应对措施。刘裕道：“道和行事，愚向来放心，斩便斩了。”
刘穆之解说了一番，刘裕率大军南下之后，韩、封等世家的族人暗中勾连，意态不明。彼时刘穆之刚收到刘裕命他急回建康的消息，与刘道怜商议后，以谋逆之名斩杀韩范和封融，又诛杀了两家数个族人，将暗潮压下。
刘裕暗松了口气，他当初有意诛杀广固城中所有男子，就是想将忠于南燕的势力连根拔起，韩范的劝谏让他不得不顾及名声，不过还是诛杀了三千南燕官吏。
刘穆之借韩、封两家有意谋反之名，再砍上一刀，将原本南燕的势力斩得七零八落，相信能震慑住不少人，刘裕点头道：“快刀斩乱麻也好，道怜行事谨慎，又有檀韶相帮，北冀州应该不会生乱。”
刘裕把京中形势向刘穆之叙说了一遍，刘穆之得知孟昶力谏保护天子过江避往广陵，厉声道：“孟昶之言绝不可听。主公上应天命，辅佐朝政，新近立下灭燕大功，威震六合。妖贼乘虚入寇，听到主公凯旋归来，自当奔溃。如果先行弃京城而逃，声望何存，主公将来施令，谁人还会听从。“
刘裕欣然道：“道和说到愚心中去了，南山可改，此志不移。彦达(孟昶字)昏聩，只顾自家性命，哪知大局根本。”
五月十二日，东堂朝议。
琅琊王司马道文问及南归的将士，五兵尚书董怀奏道：“北伐将士征战在外，伤病者近半，此次为救京城长途跋涉而来，疲惫不堪，恐难与敌作战。”
孟昶闻听，再次奏请过江暂避。司马道文意动，把目光看向录尚书事刘裕。
刘裕见孟昶一再劝谏过江，心中烦恶，冷声道：“过江无险可守，不过是苟延时日。据建康而守，仍可一战，若能取胜君臣同幸，若厄运必至，愚愿横尸庙门死卫社稷，以全报国之志，绝不远窜草莽间求活。吾意已决，彦达不必再多说。”
孟昶看刘裕正言厉色，知道难以挽回其心意，亦疾声道：“妖贼势大，当初安成公和南平公迎战妖贼，愚先知其败。豫章公一定要与妖贼决一死战，请先赐愚一死。”
刘裕气得暴跳如雷，吼道：“你先别急着死，等看愚打完这一仗，再死不晚。”
朝堂之上鸦雀无声，司马德文看着怒形于色的刘裕，心中暗暗发凉。无论此战胜败，晋室江山又朝深渊近了一步。
孟昶回到府中，闷闷不乐，挥退侍从，一个人坐在书房中发呆，脑中回想着当初京口起兵时的情形，当时自己和刘裕、刘毅等人情同手足，现在却钩心斗角，势如水火。
当年越王灭吴之后，范蠡劝文种离开,称“越王可与共患难,不可与共乐”，没想到要应在自己身上了。
想起刘裕在朝堂上颐指气使的样子，孟昶感到一阵心寒，当初京口起兵是为重兴晋室，如今看来刘裕与桓玄何异。
想起琅琊王脸上的惶恐之色，孟昶一阵心酸，王威不振，社稷难保，自己将来置身何处，难道要向刘裕屈身称臣吗？刘裕在朝堂上对自己口出恶语，恐怕自己想屈身事之也难得善终。
当年一同起兵的檀凭之、何无忌已死，接下来轮到自己了吗？孟昶露出一丝苦笑，自己死后大概刘毅也难保性命，不知诸葛长民能否活命，除了刘裕自家兄弟和刘穆之，一同起军的众人有几个能活命。
越想越感觉万念俱灰，孟昶执笔开始写奏疏，“当初刘裕北伐燕国，诸人皆认为不可，唯独臣赞成刘裕，哪料致使强贼乘间危逼社稷，臣之罪也。谨引咎以谢天下！”
将奏表封好，孟昶饮药自尽。
五月十三日，孟昶的遗表送至，朝臣无不唏嘘，目光复杂地看向刘裕。
刘裕脸色铁青，没想到孟昶以死相抗，把自己逼到了绝处，此战若不胜，恐怕自己亦难逃一死。
越是如此，刘裕的斗志越发高亢，高声道：“贼军西来，可用木栅将查浦淮口(秦淮河入长江口)及石头城四周封堵，在淮口旁兴筑堡寨，置万钧神弩和火箭于其上，抵御贼军进攻。”
殿外侍臣飞奔入内，高声奏道：“雍州别驾王镇恶捷报。”
这一段尽是坏消息了，听到捷报二字，群臣无不振奋，把目光集中在司马德文手中的奏报上。
司马德文看罢奏报，脸上露出笑容，扬着手中奏报道：“雍州别驾王镇恶奏报，五月九日雍州水师在浔阳附近遭遇贼师，破敌万人，俘获贼船一百八十二艘，抓获贼兵一千两百余人，救回被俘兵丁数千人，同时还缴获了大量的辎重。”
“雍州兵马果然精锐，可让雍州军衔尾攻击贼军。”
“南平公兴师动众，结果一战退溃，反倒是雍州军不足万人，获此大胜，啧啧。”
“雍州军临阵破敌，当赏其功。”
赞语如同刀子刺向刘裕的心，刘裕脸上还不得不挂着笑容，难受至极。
好不容易听到司马德文道：“王镇恶立此大功，提振军心，当重赏。”
朝堂上一片附和之声，刘裕奏道：“王镇恶可授龙骧将军，赐爵东武县男。让其尽快将救回的兵马送返建康，协助守城；另外可命王镇晋率雍州军伺机进攻贼军后路，牵制贼师。”
琅琊王司马德文振作精神，以天子名义下诏，自领都督宫城诸军事，率两千兵马守御宫城；刘裕督诸军事，率众文武防守石头城；以咨议参军刘粹辅佐刘裕长子刘义隆镇守京口，刘义隆时年四岁，刘粹是刘毅的族弟。
五月十四日，卢循大军抵达淮口，京城内外戒严。刘裕站在新筑的坞寨上观敌，见大江之上船只铺满，旌旗一眼望不到边，贼军确实人数众多。
刘裕惊奇地发现，长江岸边居然有百姓对着江中的船只指指点点，转脸问身边的参军张邵道：“茂宗，这些百姓见贼军至为何不逃？”
张邵因不应刘毅之召前往历阳城被刘裕信重，擢其为府中参军，协助刘穆之处理政务，出谋划策。
张邵笑应道：“主公未归之前，百姓尽皆逃命；主公归来之后，朝野上下皆对主公信心百倍，所以这些百姓才不害怕，站在江边看热闹。”
刘裕大喜，对身边的将领道：“军心、民心可用，必能破贼。”