杨安玄最担心秦、魏两国趁晋国发生战乱出兵掠地，然而上天相助，秦、魏等国自身不得安宁，无暇顾及晋国。
重新恢复西秦(国号亦是秦)，乞伏乾归见秦国势微，率军攻打夺取金城郡；大夏国赫连勃勃派其侄儿左将军赫连罗提攻打定阳，活埋俘虏的后秦将士四千余人；又亲征陇右破白崖堡，将沿途掳获的百姓一万六千余户迁至大夏国大城。
紧接着南凉与北凉相互争斗，互掳百姓，攻伐不止；柔然国趁拓跋珪身死国内不稳之机出兵北魏，魏皇拓跋嗣亲征柔然，柔然汗在逃走途中身逝，因其子胡久闾度拔年少，部分拥其弟郁久闾斛律为汗，拓跋嗣于七月中旬还师平城。
秦国越发势弱，乞伏乾归再次发动攻击，于越质、屈机掳走十余部落二万五千余人迁往苑川。八月，乞伏乾机将国都迁往苑川。然后攻打后秦略阳、南安、陇西各郡，皆克，撤走时将百姓二万五千余户十余万人迁往苑川和枹罕安置。
鲜卑仆浑部落、羌句岂部落、输报部落、邓若部落等见后秦对西秦的进攻没有反应，感觉后秦没落，弃后秦降于西秦，计二万余户。
姚兴感觉西秦成为祸患，但手中没有兵马前去征讨，于是命其三子广平公姚弼为雍州刺史(后秦)，镇守安定，威慑西秦。
姚弼受姚兴宠信，其谋臣姜纪向姚弼建议，让他交结尚书令、卫大将军、常山公姚显以及姚兴身边掌权的大臣，让姚显等人替其美言调回京中任职，以图将来。姚显，姚兴五弟，文武全才，素有雅望，深得姚兴信任。
姚显数次在姚兴面前进言称姚弼贤德，加上姚兴身边的近臣不时说辞，东晋义熙七年(411年)、后秦弘始十三年正月，姚兴果然召姚弼还长安，授其尚书令、侍中及大将军，地位仅次于太子姚泓。
姚弼离开安定，姚兴升任太常索棱为太尉，兼陇西内史，让他招抚西秦，派镇东将军杨佛嵩镇守安定。
乞伏乾归见好就收，派使节送回掳获的后秦官员，请示称臣归附。于是姚兴封乞伏乾归为征西大将军、河州太守、单于，其子乞伏炽磐为镇西将军、左贤王、平昌公。
不过，姚兴和乞伏乾归都知道，双方都暂时无力发动攻击，各自休养生息，等待时机。
后秦霉运不断，刚按倒葫芦又起瓢，北方的大夏国不肯放过后秦，先是出兵破大苏堡，斩安远将军姚详；出击安定城，击败镇东将军杨佛嵩，四万五千秦军投降；再攻东乡，掳百姓三千余户迁至贰城，后秦的兵力缩减至十万以下，无力对外用兵。
柔然国主郁久闾儿斛律受到北魏的压力，于是向北魏进贡三千匹战马，求娶冯跋之女乐浪公主，冯跋同意。柔然与北燕结成联盟，共同抵御北魏。
杨安玄看着暗卫发来的谍报，心中估算着后秦剩下的兵马应该与自己相差无几了，是时候为伐秦做准备了。
不过，攻打后秦必然引来群狼环伺，首先便是大夏国的赫连勃勃会趁火打劫，西秦也会蠢蠢欲动，诸凉说不定也要从中分杯羹。对付国力衰败的后秦不难，难的是如何应对随之而来的群狼。
杨安玄打算召集散于各处的麾下，为将来的伐秦统一思想，准备好辎重粮草，为灭后秦之战做好充足准备。
…………
卢循和徐道覆已经走到了末路。从豫章顺水路南下，一路收拢到六千余名溃逃的变民军，眼看回到始兴郡，卢循的心中稍定，当初东阳兵败逃往番禺的时候不过也就几千人，到了广州休整几年便可东山再起。
然而，当卢循在始兴城中见到父亲卢暇、孙建之等人，方知老巢番禺已被朝廷兵马占领，不觉忧心如焚。
更让卢循着急上火的是刘裕显然不打算轻易放过他，他刚到始兴城不久，刘藩、刘怀慎便率领朝廷兵马翻山越岭追至。
卢循对徐道覆道：“事已至此，唯有拼死一搏。道覆你守稳始兴城，愚南下夺下番禺，若事情顺利则率救兵回援，否则你我黄泉之下相见。”
留下两千兵马给徐道覆，卢循带着剩下的四千人南下番禺，沿途搜寻百姓裹胁成军，至番禺城下里亦有万余人。
刘藩兵至始兴城下，下令攻击，沈田子正好率军在阳山准备攻打桂阳城，闻讯率军与刘藩汇合。徐道覆麾下兵马疲惫不堪，面对人数占优的晋军，勉强坚守了五日。城破，徐道覆被杀。
番禺城下，卢循攻城，城中仅剩二千兵马，孙处发动百姓上城协守。卢循一面派人攻城，一面四处搜罗百姓搜刮粮食，接连进攻了二十多天番禺城仍未攻克。
沈田子率军驰援，城中守兵见援军到来，士气大振。此时卢循已经聚集了两万多人，想以优势兵力先行击溃沈田子。沈田子背水列阵，率先朝卢循军杀去。
不等沈田子冲至阵前，卢循军先自惊乱，此时孙处率军从城中杀出，一举将卢循乱军击溃，斩杀俘虏万余人。
卢循率残部往西进入交州，孙处与沈田子率军追击，于苍梧、郁林、宁浦三战三捷，孙处却水土不服染上重病，不久身逝。广州刺史褚裕之到任，刘藩、沈田子等人奉命率军返回京城。
卢循窜往交州，攻占合浦，恰巧山贼李奕等人与交州刺史杜慧度有仇，两者合兵攻打交州治所龙编。
龙编城外，杜慧度用雉尾炬(以芦苇等物，缚成下部分岔之草把，灌以油蜡，点燃后投掷，因形似禽尾，故称)火焚变民军船只，卢循中箭投水而死，杜慧度捞出其尸体斩首，连同卢循之父卢暇、四个儿子以及录事参军阮静等人的首级，全部送到建康。
至此，历时十一年的孙恩、卢循之乱彻底平定。
朝廷下旨赏功，授刘裕为太尉、中书监，录尚书事、扬州刺史等官职不变。刘裕知大局已定，这次不再推辞，欣然接受。
天子又以雍州军南下相助平叛为由，加杨安玄为侍中、骠骑将军；以后将军刘毅守护建康、督运辎重之功复任卫将军，开府仪同三司，重返历阳任豫州刺史；其他有功将领一并封赏。
刘穆之转任太尉府司马，替刘裕在京中招募有才之士，吸纳了大批孟昶的参佐入太尉府，原左光禄大夫殷茂之孙、故司徒王谧女婿殷景仁；故太尉谢安之兄谢据曾孙、骠骑长史谢重之子谢晦等俊才都得到刘裕的重用。
刘毅发觉刘穆之对刘裕的帮助极大，在背后替刘裕出谋划策，不少门阀受其拉拢投靠了刘裕，深忌之。于是常在刘裕面前提及刘穆之权力过重，将来难以抑制，可是刘裕知其心意，反而更加信任刘穆之。
雷池、左里击败变民军后，夏口、浔阳、历阳收复，刘毅回转历阳城，不久上表朝廷，要求督江州军事。
刘毅奏称江州处于要冲，与扬州、豫州联为一体，是京师的屏障。卢循祸乱之后，江州糜烂，百姓寥落无几，交通不便，如今燕国已平，胡人难以寇江，应将江州州府与军政分开，厉行简易仁爱之政，减轻百姓负担。
琅琊王因刘裕权柄太重，巴不得有人分权，以天子名义准奏，命卫将军、豫州刺史刘毅督江州事，移镇豫章，江州刺史庾悦归刘毅统辖。
刘毅将镇所迁至豫章，庾悦的好日子便到了头。当初刘毅住在京口，尚未入仕，与亲友到东堂射箭，恰逢司徒右长史庾悦要用射场，众人只得避走，唯有刘毅不走，依旧留在东堂射箭。
庾悦随行带着厨师，烹饪美味，刘毅见到上前索要烤鹅，被庾悦断然拒绝，刘毅记恨在心，一直想要报复。
到任豫章后，刘毅命部将赵恢率一千兵马进驻浔阳，左一道命令右一道公函，让江州三千文武官吏疲于奔命。即使如此，刘毅对江州事务吹毛求疵，前往浔阳斥责的公文不绝于道，最后刘毅下令庾悦前来豫章听训。
庾悦知道刘裕是公报私仇，既气又惧，到豫章后背上生疽，病逝。刘毅顺势上奏朝廷，请加授江州刺史之职，天子准奏。
刘裕冷眼看着刘毅兴风作浪，此时的刘毅已经不放在他心上，只待时机成熟，刘裕自信随时可以平灭他。
真正被刘裕视为对手的是雍兖刺史杨安玄，杨安玄身为雍兖刺史，梁州刺史杨思平、北青州刺史杨孜敬是他的叔辈，司州刺史鲁宗之曾是其麾下，司州更被杨安玄的亲信架空，亦如同杨安玄的治下一般。
刘裕与刘穆之多次对两家实力进行过对比，两人都认为只比杨安玄略胜半筹。
最大的优势来自刘裕掌握着朝堂，治下有徐州、北冀州、扬州、广州、交州、荆州等地，至于豫州、江州虽是刘毅治理，其实与司州的情形差不多，脱不出刘裕的掌心。
所占的地盘刘裕多于杨安玄，但江南这几年战事不断，百姓死伤、逃亡严重，两家治下的百姓应该差不多，近期刘裕正准备从北冀州迁移原南燕的百姓南下，充实徐州、扬州。
虽然刘裕对北府军的战力充满自信，但却丝毫不敢小覤雍州军，特别是雍州军展现出的军械明显优于北府军，轻骑的数量应该也远在朝廷兵马之上，同等数量的两军对仗，刘裕还真不敢说会赢。
与卢循水师交战，刘裕俘获了六艘“八艚舰”，获悉了水密舱的秘密，当初沈田子凿船不沉的原因找到了。
刘裕下令水师改造船舰，此次与变民军争锋，暴露出朝廷水师不少漏洞，要及时修补，希望将来有能力在水上与雍州水师争雄。
杨家犁、斩铁刀、水密舱船，这些技术让刘裕深感不安，他奏请天子重设将作大匠(1)，设监一名，秩二千石，与九卿同列，少卿两名，官吏若干；除掌宫室、宗庙、陵寝等土木营建外，执掌天下匠人，选拔能工巧匠为官；命沈田子执掌谍报司，主要的任务是刺探雍州军械的秘密，打听雍兖之地的情报。
有感于争战致使各地凋敝不堪，百姓或亡或逃，很多郡县的百姓比起二十年前仅有十之三四。刘裕奏请天子把俘获的变民军安置在广陵、京口以及三吴一带屯田，将无主的田地拿出来授于逃亡山中的百姓，凡入籍者每丁授田五十亩。
要战胜杨安玄，就要借助皇权推行仁政，收拢百姓民心。与刘穆之、刘敬宣等人多次商讨后，刘裕雄心勃勃地要进行一系列“改革”。
「注(1)：将作大匠，不常设。」