天下自古至今，所有的事物，分散收载在各种书籍中，这些书籍品种多、文字长，从中寻找可供参阅的内容不容易，因此我想将各种书籍中所载的事物，以分类的方法放在一起，用在韵目下分列单字的方法，编集在一部书中，这样查考起来就像探囊取物，再方便不过了……你们按照我的意思，凡是自有书籍以来，所有经、史、子、集百家的书，甚至于包括天文、地志、阴阳、医卜、僧道、技艺等方面的言论，都将它们辑录到这部书中，不要怕内容繁多而浩大。
永乐五年十月，两千多人经过三年多努力，《永乐大典》正式定稿，明成祖朱棣抽查部分后，非常满意，亲自撰写序言，自此这部超级书籍，横空出世于世人。
《永乐大典》定稿后，朱棣命人重写誊抄编册，历时一年终于完工，全书共22937卷，装帧后为11095册，总字数约37亿个，当时总共有两部，一部是原稿，一部被后人称为正本，即经过誊写装帧后的版本。
《永乐大典》从编纂成功后，原稿一直存放在金陵文渊阁，后毁于大火，朱棣迁都北京后，正本一直放在紫禁城的文楼。
这部珍贵的史书，不仅朱棣很重视，成为他的历史功绩，正名了“永乐大帝”，明天其他皇帝，也同样非常重视，比如嘉靖皇帝，就非常喜爱《永乐大典》，经常放在案头翻阅。
当得知文渊阁失火，原稿尽毁于大火，嘉靖皇帝尤为担心，“命左右趣登文楼出之，夜中传谕三四次，遂得不毁”，于是在嘉靖皇帝的推动下，《永乐大典》得以单独保存，并且在火灾过后，再抄录一部了《永乐大典》。
嘉靖四十一年，“复制”《永乐大典》的工作开始，直到嘉靖皇帝去世次年，方才复制完毕，如今所能看到的残本，大多都是这批副本。
而且蹊跷的是，副本抄录结束后，正本却不翼而飞，甚至于后来，历经无数战火，以及人为破坏，哪怕是副本《永乐大典》，也近乎丧失殆尽，只剩为数不多的残本，遗失于世界各处。
或许有人要问，后来屡遭灾难的，都是《永乐大典》副本，那么正本去哪里了呢？
根据史学家推测，可能有以下缘故。
其一，有人猜测，编纂好《永乐大典》后，明代帝王中只有孝宗和世宗，这两位喜欢读书的皇帝，常常阅读《永乐大典》，如孝宗曾把《永乐大典》中的医药秘方，抄赐给太医院学习，世宗则更是喜爱，案头上常备《永乐大典》，经常按韵索览。
而且在明代，有个奇特的葬俗——把死者生前喜爱的书籍，死后给与随葬。
那么《永乐大典》的正本，随葬于世宗永陵的可能性，无疑就很明显了，且如今所见的永陵，明显比明代其他皇陵，规模要更大许多，按礼制是可以随葬正本的。
世宗嘉靖帝下葬后，隆庆帝褒奖编撰儒臣，嘉奖徐阶等十数名儒臣“同知经筵席”，又以“重录《永乐大典》成”为由，再行褒奖，对《永乐大典》正本藏处，却是只字不提，因此这部煌煌巨著，公私书目、正史野史阙载，正本成为陪葬品，可能性就更大了。
不过随葬这一说法，是否真如猜测的那样，还得借助考古发掘。
第二种说法，则是被烧毁了，至于被烧毁的时间，存在两种看法种认为。
首先，发生在明亡之际，李自成领导农民起义，肆意烧毁，《永乐大典》正本因此就毁于一旦，至明末清初，皇宫内外有人疑窦丛生，如明末宦官刘若愚在《酌中志》里提出“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也?”，且明末著名学者顾炎武在《日知录》里表示，《永乐大典》正本“全部亡佚”。
其次认为，清代初年《永乐大典》正本改贮乾清宫，嘉庆二年乾清宫曾发生过火灾，《永乐大典》正本未能幸免于难。
只不过，在此之前的乾隆年间，《永乐大典》正本是否存在，是很值得怀疑的，因此乾隆初编制的《天禄琳琅书目》里，没有收录《永乐大典》正本，而且编制时，宫中所有善本都集中于乾清宫旁的昭仁殿，乾隆帝为此曾赋诗，表示过对《永乐大典》正本的无奈：“《大典》犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。简及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全。”
由此可见，乾隆皇帝并未见过《永乐大典》。
第三种说法，是被藏在夹墙说。
明代的皇史宬是皇家档案库，专门存放《实录》、《圣训》、《玉牒》类，重录本就被藏于皇史宬，因此有人认为，《永乐大典》正本藏在皇史宬的夹墙内，以备不测。
皇史宬全砖石结构，抵防水火性能极强，起皇史宬大殿墙壁构造，与其他建筑大不相同，东西墙厚度达35米，南北墙厚度达6米，将《永乐大典》正本秘藏于夹墙内，看似很有可能的。