雨轩一行人在旅途中意外得知了一个名为“大傻谷”的地方，那里据说埋藏着古代宝可梦的化石宝藏。怀着对未知世界的好奇和探险的热情，雨轩，小智、小霞、小刚以及他们的宝可梦们踏上了前往大傻谷的旅程。
“超古代宝可梦的化石哎，好酷啊！”小智此时满心都是对未知的期待。
“还有菊石兽，化石盔这种水属性宝可梦的化石呢，要是能见到活的就好了！”小霞对于任何水系宝可梦都没有什么抵抗力，一脸向往的样子！
“这里据说是发现了大量的远古宝可梦的化石，前面不远的山谷，就是挖掘化石的地方。”小刚平时没事儿的时候，也会到月见山挖掘化石和进化石，借此来贴补家用，此刻竟然有种亲切感。
“古代宝可梦的化石，老头子和大吾应该会喜欢吧，”雨轩此时想起了这个世界的亲人，两个重度石头爱好者，兹伏奇社长和大吾，嘴角不经意间露出一抹微笑。！“我们也去看看吧！运气好，挖掘到化石也说不定呢！”
“同意……”“好期待啊……”“我没问题……”对于雨轩的提议，大家全票通过，并对此表现的很是期待。
“呦，是小智啊！我和你说，你可是来晚了，我已经挖掘到珍贵的化石了呢……”当他们到达大傻谷时，这里聚集了大量挖掘化石的人，竟然遇到了小智的劲敌小茂。小茂兴奋地告诉他们，自己在这片土地上发现了一些珍贵的化石，并且正在努力挖掘。
“小茂你别得意，我一定很快就会挖掘到化石的！绝对不会输给你的……小智被这突如其来的消息所吸引，决定加入挖掘工作，希望能够揭开更多关于古代宝可梦的秘密，总之不管怎样，不能输给小茂那个家伙。
然而，就在众人都在专注于挖掘的时候，一股不祥的气息笼罩了整个山谷。原来，火箭队的三人组——武藏、小次郎和喵喵，为了获取这些珍贵的化石，竟然在山谷中安装了炸弹。众人并未察觉到了危险，即便是发现，现在也已经来不及撤离，炸弹即将引爆，整个山谷都将陷入毁灭的边缘。“你们就傻傻的挖吧！挖的哪里有用炸药来的快，古代宝可梦的化石，快到碗里来！”
在关键时刻，小智发现了火箭队的阴谋，想出了一个大胆的计划。“火箭队，不会让你们得逞的！杰尼龟，就决定是你了！快点浇灭导火线的火！”小智想利用自己的宝可梦，成功地切断炸弹的导火索,火箭队三人组可不能坐视不理，派出宝可梦阻拦小智，可不能让小智破坏了他们的发财大计!
“阿柏怪，阻止他！”
“双弹瓦斯，保护导火索……”
但不幸的是，他没能阻止炸弹的爆炸，炸弹将山谷炸出了一条深深的裂缝，小智不慎坠入了这个山谷的深处，进入了一个未知的地下洞窟。
“小智……”“皮卡丘……”等众人被爆炸声吸引来的时候，亲眼目睹了小智落入裂缝，可是到了跟前才发现，裂缝已经被滚落的石头封住了。