吉修发现这个空间似乎是由黑袍人的魔力支撑，他找到规律后告诉大家攻击特定方位或许能打破空间。于是晶码战士们齐心合力，朝那几个方位发起猛攻。
随着一阵强光闪烁，空间破裂，他们回到现实。黑袍人惊愕之际，晶码战士们乘势而上。亚奇召唤出比亚勇士神兽给予致命一击，黑袍人瘫倒在地。晶码战士们最终彻底粉碎了这股邪恶势力，地球重归安宁，他们成为永远的英雄。
晶码战士们成为英雄后，过上了一段平静的日子。然而一天夜里，亚奇突然从梦中惊醒，他梦到一种全新的黑暗力量正在宇宙深处滋生。第二天，亚奇将此事告知伙伴们，众人决定前往太空探索一番。他们乘坐特制飞船离开地球，进入浩瀚宇宙。
不久后，他们发现一颗散发着诡异气息的星球。刚登陆星球，就遭遇一群外形似蝙蝠的外星魔兽袭击。这些魔兽不仅速度极快，还能发射干扰电波影响晶码战士们的通讯设备。
龙炎尝试用火焰狮兽的火焰攻击，却发现火焰在这里威力大打折扣。亚奇冷静思考后，让吉修利用玄龟兽的能力构建防护屏障抵御干扰电波。美柯则指挥仙多拉神兽释放强光扰乱魔兽视线。
接着，亚奇找准时机，带领伙伴们冲破魔兽防线，向着黑暗力量的源头进发。他们深知，新的战斗才刚刚开始，而保护宇宙和平将是他们接下来的使命。
晶码战士们不断深入这颗星球。沿途，他们看到许多被黑暗力量侵蚀的奇特生物，那些生物眼中透着疯狂，不停地向他们发动攻击。
走着走着，眼前出现一座巨大的黑暗城堡。城堡周围环绕着黑色的闪电，时不时劈向周边的地面。亚奇说：“那里面肯定藏着黑暗力量的核心。”众人小心翼翼地靠近城堡大门。
突然，大门自动打开，里面传出一个威严的声音：“你们以为能轻易阻止我吗？”紧接着，一个巨大的暗影恶魔缓缓浮现。这恶魔体型庞大，浑身长满尖刺。
晶码战士们迅速摆开战斗姿势。龙炎大喊：“管你多强，我们都会战胜你！”战斗爆发，恶魔的攻击极为猛烈，晶码战士们渐渐有些招架不住。但他们互相鼓励，绝不放弃。关键时刻，亚奇发现恶魔每次发动大招时腹部会短暂闪现红光，那定是弱点所在。他大喊提醒伙伴，众人集中力量朝着恶魔腹部攻击。经过艰苦奋战，恶魔轰然倒下，黑暗气息也随之消散。晶码战士们松了口气，他们知道，这一次又成功守护了和平。
晶码战士们正欲返回地球，突然天空降下一道奇异的光罩将他们困住。一个神秘的声音响起：“你们以为打败了暗影恶魔就万事大吉了？这一切不过是我设下的局，只为引出你们这些自命不凡的家伙。”亚奇警惕地环顾四周，“你究竟是谁？”“我乃黑暗星云之主，你们破坏了我的诸多计划，今天便是你们的死期。”话落，无数小型暗影兽蜂拥而出。
这些暗影兽不同于以往，它们竟能组合成各种形态，一时之间，晶码战士们应对得颇为吃力。美柯焦急地说：“这样下去不行，得想个新办法。”吉修沉思片刻，“我们试着把晶码机连接在一起，共享能量。”众人听后立即执行。
当晶码机连接，一道超强的七彩光芒绽放开来，这光芒所到之处，暗影兽纷纷消散。黑暗星云之主见势不妙，亲自出手。亚奇喊道：“大家别怕，我们连黑暗城堡都闯过来了，还怕他不成！”众人斗志昂扬，迎着黑暗星云之主冲了上去，在激烈的交锋过后，晶码战士们凭借着顽强的意志与紧密的合作，最终击败了黑暗星云之主，光罩消失，他们顺利返回地球。
晶码战士们回到地球后，受到了人们更加热烈的欢迎与崇敬。但他们并未因此懈怠，而是时刻保持警惕。
一天，亚奇在研究晶码机数据时，发现了一丝异常能量波动，这股波动似乎来自于地心深处。他赶忙召集其他伙伴。众人商议后决定前往地心探查。
到达地心后，他们发现这里竟然存在着一个古老的封印，封印之下隐约透出黑暗气息。正当他们疑惑时，一个古老的声音响起：“年轻的战士们，这是万年前被封印于此的混沌魔兽，如今封印松动，若它出世，地球将面临灭顶之灾。”
晶码战士们相视一眼，坚定地点头。他们围绕着封印，各自施展晶码机的力量加固封印。然而，混沌魔兽察觉到有人阻碍它出世，开始猛烈冲击封印。晶码战士们咬紧牙关，拼尽全力维持封印。就在封印快要撑不住的时候，地球上的人们感应到危机，纷纷将自己的希望之力传递过来。晶码战士们借助这股力量，成功加固了封印，再次守护了地球和平。
时光流转，晶码战士们继续守护着地球的和平。一日，亚奇在海边巡逻时，发现海平面上涌起一股神秘的黑色旋涡。他紧急呼叫同伴前来。众人赶到后，龙炎皱眉道：“这看起来像是某种新的黑暗力量入口。”
不等他们细究，旋涡中射出几道黑影，竟是长着鱼鳍的类人生物，手持三叉戟形状的武器。美柯惊呼：“又是新敌人！”这些生物二话不说就发动攻击，晶码战士们匆忙应战。
吉修一边躲避攻击一边分析：“它们好像受海水影响，力量有所增幅。”亚奇想到对策，让玄龟兽吸水再喷射出去，制造局部陆地环境以削弱敌人。
众人按照计划行事，果然敌人攻势减弱。晶码战士们抓住机会反击，亚奇带领比亚勇士神兽冲锋在前，其他战士配合默契。在一阵激战之后，他们成功击退了这些海中怪敌，又一次化解了地球的危机，而后带着坚毅的神情继续守望这片土地。
过了一段时间，城市中出现了一系列离奇事件。夜晚的街道上，灯光会莫名闪烁，电器也时常失控。亚奇敏锐地察觉到这可能又是黑暗力量作祟。警马战士们开始在城市各处排查。
在一个废弃仓库中，他们发现了一个散发着幽黑光芒的装置。正当他们接近时，装置突然启动，释放出强烈的电流。龙炎急忙召唤火焰狮兽抵挡，火焰与电流交织。亚奇发现装置上有一个类似晶码锁的结构，他推测关闭这个装置就能终止乱象。
美柯和吉修负责吸引装置的攻击注意力，亚奇则趁机制服装置旁边的小怪，然后破解晶码锁。经过紧张的操作，晶码锁被解开，装置停止运行，城市也恢复正常。
然而，亚奇知道黑暗力量不会善罢甘休。他们必须持续提升自己的实力，随时准备迎接下一次挑战，保卫地球永远的和平。