永历十三年（1659年）七月十二日，十余万身着甲胄的将士来到了紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的孝陵。这里是太祖高皇帝与孝慈高皇后合葬的陵寝，大明朝奉行孝治天下，故名“孝陵”，在这个战乱的年代具有莫大的意义，谁能首祭孝陵，谁便是大明的正统。
为首一人，三十五六岁的年纪，面容清秀，抿着嘴唇，微髭、短粜，神采飞扬。只见他带着众人于门外下马后，由甬道旁行，上行三跪九叩头礼，诣宝城前行三献礼，谒陵态度之恭敬，礼数之尊崇，感人肺腑。
“太祖高皇帝！”那汉子深深一拜，忽然虎目垂泪，发出悲鸣。这一拜一哭不要紧，三军将士人人愤激，皆跟随他既拜而哭，“父老从者数万人，皆感泣”，玩珠峰乃至整个紫金山，顿成悲伤的海洋。此人非是别人，正是隆武帝赐姓朱、人称“国姓爷”的朱成功。
永历十二年（1658年），清军进兵西南，朱成功见清方主力集中于西南，决定率军乘船北上，沿长江进取金陵（南京）。此计划其实早已有之，为此还曾上表永历帝，报告出师大举，要求李定国、孙可望各军密切配合。去年，郑军开始了紧张的北伐准备，他亲自坐镇厦门，检查军备，储备粮食，督造战船，操练铁军，绥靖后方。出征前夕特意公布北伐禁条十项，主要内容是严禁奸淫、焚毁、掳掠和宰杀耕牛等。不久，永历帝晋其为延平郡王、招讨大将军，全权主持北伐军事。四月，准备完毕的他率舟师十万（一说十七万），陆海并进，浩浩荡荡杀奔金陵，开始了闻名天下的长江之役。
开局并不顺利。八月初九日，他亲统大军乘船由舟山进抵羊山（今大洋山，属崎岖群岛），这里是“海道必由之路”，“南至定海，北至吴淞，皆一潮可到，盖江、浙之交界也”。在羊山，斯人发出豪言：“我提师望复神京，以为社稷”。不料天有不测风云，碰到了台风。八月初十日，陡然之间乌云滚天，狂风骤起，大雨如注，波涛汹涌，郑军舟船对面亦不相见，互相撞击和为大浪颠覆，翻沉损坏的很多。他的六位妃嫔，第二、第三、第五个儿子都被淹死，兵将、船艘、器械损失巨大，不得不返回舟山整顿。由于该岛荒芜，大军难以久留，九月初，郑军船只分三帮经舟山群岛与镇海县之间的海峡南下。祸不单行，清福建提督马得功趁郑军远出、金厦空虚之机，于六月初四日攻占了泉州附近的郑军基地白沙（即郑鸿逵归隐地）；郑军中一些清方投降过来的北方兵将不习惯海上军旅生活，又被羊山飓风吓坏，纷纷逃走。在极端不利的情况下，这位国姓并不气馁，一面整顿队伍，制造器械，修补船舰，筹集粮饷，准备明年再举；一面在南返途中攻克台州、海门卫、黄岩县、盘石卫、乐清县等浙江沿海要地。
永历十三年（1659年）二月二十日，朱成功由沙关来到磐石卫，再次着手部署长江战役，他吸取教训，一面加强金厦防务，一面传谕官兵搬眷随征，谕云：“官兵远征，不无内顾；携眷偕行，自然乐从。本藩统领大师，北伐丑虏，肃靖中原，以建大业。虑各勋镇将领官兵，永镇之时有为家之念，已经着兵、户官拨赶缯船配载各眷；各令有眷官兵照依派船载来，暂住林门，候令随行”。他用兵历来喜欢把将士的家眷安置于比较安全的地方，此时一反常态是因为对攻克南京、收取江南有必胜的把握，所以在给部下的军令中用了“永镇”二字。此令一下，“官兵俱各欣悦”。有人觉得他是怕大军北征时，留在金厦的家眷被清军所夺，动摇军心；也有人作诗讽之曰：“浪激风帆高入云，相看一半石榴裙。箫声宛转鼓声起，江左人称娘子军……”。这都不重要，重要的是仗打得如何。
此次可谓势如破竹！四月，朱成功、张煌言亲统大军北上，二十八日到达浙江定海，经过两天激战，全歼守军，焚毁清水师船只一百余艘，既解除了后顾之忧，又制造出进攻宁波的假象；五月初，他亲率兵马十余万、分乘大小船舰三千余只从定海北上，航向长江口。十九日，由吴淞口进入长江。清苏淞提督马逢知（原名马进宝）事前已同他有秘密联系，按兵不动，心怀观望；六月初一，郑军进至江阴；十六日攻克瓜州，阵斩清游击左云龙，破满汉兵马数千，清操江巡抚朱衣助投降；二十二日在镇江银山大破清江宁巡抚蒋国柱、提督管效忠派来的援兵，清镇江守将高谦、知府戴可进献城投降；二十六日，张煌言带领的一支为数不多的舰队已进抵南京城下。一时间，长江中来往行驶的是郑军的战舰，两岸驰骋的是郑军的战马，各城镇都涌动着欢迎郑军的百姓，抗清形势呈现出从未有过的大好局面。清廷方面慌作一团，靖南将军喀喀木、江南江西总督郎廷佐密疏请求“速从京师调遣大兵前来，方可恢复瓜州，大江两岸城池亦不致失守”，“势甚猖獗，连日长驱，围困江宁，侵犯上游，大江南北各州县相继失守，内外信息不通几一越月”……漕运总督亢得时，在“不死于敌必死于法”的压力下，居然在往援南京的途中从船上跳入水中自尽。在巨大的压力面前，清廷急调上海、杭州等地驻军以及由云贵返回北京轮休的军队驰援南京。
镇江距南京不过百里之遥，部将甘辉建议“昼夜倍道，兼程而进”；其他将领却以“我师远来，不习水土，兵多负重，值此炎暑酷热，难责兼程之行也”，又提出正下大雨，河沟皆满，不利于行军，建议走水路。所谓“不习水土”、“炎暑酷热”，固然有理，但同以北方人为主的清军援兵相比，就很难说得过去。至于正逢大雨，不利陆路行军，更是一种借口，因为清军援兵赶赴南京的路程要远得多。朱成功竟然采纳了这一主张，决定由水路进发，从而失去了第一次战机。六月十八日晚上，由贵州返回北京休整的部分满洲八旗兵在梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛率领下由荆州到达南京，增强了防守力量，大大振奋了城内的士气。清两江总督郎廷佐在题本中说：“自海逆于京口得志后，贼势大盛，于六月二十六等日，已溯江逼近江宁。时因城大兵分，力薄难支，幸由梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛等率满洲兵自贵州前来，省城方得无虞”。
不过，这支清军数量有限，又是因出征日久由他部替换回北京休整的疲惫之军，南京清军的实力并没能增强太多，硬要打，郑军还是打得下来的。可郑军在占领镇江后，行动却异常缓慢。十几万大军所乘海船形体巨大，逆水而上，又不顺风，只能靠纤挽而行，十天之后（七月初九日）才到达南京仪凤门下。按理说，兵将既然是乘船而来，当不致旅途疲劳，稍事部署即可发起攻城。可这位国姓爷仍然慢吞吞地动作，七月十一日他率领大将甘辉、马信等数十人在几百名亲随侍卫保护下“绕观钟山，采踏地势”，十二日，成功率诸文武将士赴孝陵祭太祖，哭奠列宗。
“国姓，兵贵神速，现在可不是悲伤的时候，当速取金陵才是”，望着哭成一团的主上，中提督甘辉有些着急地说。
“嗯”，身经百战的朱成功自然知道一鼓作气的道理，点点头完成了祭拜。次日，“令甘辉、余新扎狮子山；万礼、杨祖扎第二大桥山；以翁天祐为救应，御仪凤门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯扎汉西门，连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨好屯扎东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯扎西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯扎狱庙山，连诸宿镇护卫大营。各设鹿角了望，深沟木栅防御。江南一时震动”。不过，南京城是太祖高皇帝建都的地方，城垣非常广大，郑军虽有十几万也难将该城包围得水泄不通，如此部署，看似围住了南京，却让己方的兵力分散，变得单薄。
“国姓，伪清水师提督管效忠派人请降”，正准备下令攻城，前锋镇余新给这位国姓带来了一个好消息。“哦，让来使入帐”，朱成功点了点头。七月十一日，郑军曾截获管效忠给清廷的紧急求援疏，其中说：“海师二十余万、战船千余艘，俱全身是铁，箭射不透，刀斩不入。瓜、镇二战，败回者魂魄犹惊，策战皆鞠缩不前……现攻围南都，危如垒卵，乞发大兵南下救援扑灭，免致燎原焰天”。他阅后非常高兴，判断“南都必降”，当即命人草拟招降书，用箭射入城中，如今敌人果然降矣！此时的他已经被胜利冲昏了头脑，认为以自己的实力和威望，敌人来降乃是理所应当，丝毫没有怀疑。
使者入帐，恭敬地呈上清水师提督管效忠的请降信。拆开一看，上面写着：“大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降”。
“哦，让孤等三十日”朱成功读罢信，想了想同意了，毕竟南京乃天下有数的坚城，强攻损失太大，若不战而得南京，岂不是件好事
“尔回去告诉管效忠，本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降，攻入之时，寸草不留”，他严肃地对使者说。
“国姓，此乃缓兵之计，不可凭信，可速攻之”，使者叩首而去后，部下潘庚钟建议。
“自舟山兴师至此，战必胜，攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶彼朝实有定例，尔勿多疑”，朱成功满不在乎地说，言语中尽显王者霸气。
潘庚钟急了，“国姓，孙子有云：‘辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也。欲降则降，岂恋内顾决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策’”。
“哼哼，古者攻城为下，攻心为上。今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也。尔勿再多言”，朱成功不耐烦地摆了摆手。这位国姓治军甚严，极有威仪，潘庚钟不敢再劝，摇头叹气而出。
朱成功并不以为意，只是令诸提、镇，严防谨守，日则了望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。
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“郑逆允了”
听得使者回报，喀喀木、郎廷佐、噶褚哈、管效忠等人大喜，皆曰：“此乃朝廷之福”。所谓“请降”，不过是南京满、汉官员的计策而已。为了保卫南京，他们一面以管效忠的名义卑辞借以缓兵；一面从附近调集一切可用的军队，同时向清廷发出十万火急的求援奏疏。
七月中旬，清军援师陆续赶到南京，“至七月十五日苏松水师总兵官梁化凤亲统马步官兵三千余名至江宁，又抚臣蒋国柱调发苏松提督标下游击徐登第领马步兵三百名、金山营参将张国俊领马步兵一千名、水师右营守备王大成领马步兵一百五十名、驻防杭州协领牙他里等领官兵五百名俱抵江宁”；浙闽总督赵国祚和驻防杭州昂邦章京柯魁派镶黄旗固山大雅大里、甲喇章京佟浩年带领驻防杭州披甲满洲兵五百名，浙江巡抚佟国器派抚标游击刘承荫领精兵五百名也“星驰赴援”；分驻南京上、下游的清军也源源到达。当郑成功沉浸于守城清军即将投降的梦幻之中时，清方却在不断调集援兵，力量的对比逐渐发生变化。