可惜的是，自己这个弟子却是个短命的，居然在自己去职后没多久就因为落水染上了重病，之后驾崩了。
说起来也奇怪，天启皇帝的驾崩疑团重重，几乎和当年武宗事如出一辙，不过那时候孙承宗已告老还乡了，人不在朝堂许多消息闭塞，虽然他有过猜测，可却无法证明，只能因为自己弟子的驾崩黯然伤神，心中充满遗憾。等到崇祯皇帝登基，上位后没多久就解决掉了魏忠贤，更是励精图治展现出一副大明英主的姿态。那时候孙承宗还是很高兴的，他觉得自己弟子后续有人，而且崇祯皇帝也是听过自己课，算得上半个弟子，大明有这样的皇帝也算是件幸事。
可过不了多久，随着崇祯皇帝施政的情况发生变化，孙承宗就感觉到崇祯皇帝在许多事上操之过急，而且他的经验不足导致许多政策中有着很大问题和漏洞，甚至还有不少恶政。虽然心中担忧，可孙承宗也无能为力，不在其位不谋其政，他一个退休的老头又能做什么呢
这一次突然接到起复的旨意，来京路上孙承宗还是很高兴的，因为能够再一次回到朝堂之上，甚至被皇帝如此看重，孙承宗心中希望有大作为。所以在见了崇祯皇帝后，直接就把自己心里盘算了许久的谋划和盘托出，希望崇祯皇帝能够听取自己意见从而支持自己，借这一次机会一举解决掉辽东建奴，扭转乾坤。
可惜的是，在听完自己的讲述和谋划后，崇祯皇帝却一直迟疑不决。最后直到等自己离开皇宫的时候崇祯皇帝都没给自己一个明确的答复，这让孙承宗失望之极，和天启皇帝相比，崇祯皇帝实在差的太多，这个年轻的天子根本不是一个合格的君主，再加上他性格的问题所至，哪怕孙承宗恢复原职，未来也不会和天启朝一样被无条件的信任和支持。
第二日，孙承宗就接到崇祯皇帝正式旨意，旨意中告诉孙承宗不必考虑离京，让孙承宗在京师负责防务，并要赐尚方剑，规定京营总协及坐门文武、大小公侯、驸马伯、五城御史、顺天府官，尽听统辖。文武官员应用者，在朝在野，用后吏、兵两部奏闻。户部有应支钱粮，便宜取用，户、兵、工三部司官，违误军机，许拿问。入援各军有合行调遣者，便宜调遣。总兵以下有违误者，以军法治罪。
从圣旨的内容来看，崇祯皇帝给了孙承宗极大的权利，等于是任命孙承宗为“天下兵马大元帅”了。可是偏偏又驳回了他之前陈对的计划，把他留在了京师，同时也用这个方式告诉孙承宗，崇祯皇帝把京师安危托付给了他。
接到旨意后，孙承宗心里就明白了崇祯皇帝的打算，表示自己领旨。
翌日，孙承宗正式到文渊阁上任，接过了崇祯皇帝给他准备好的印信，开始着手对京师进行布防和调整。
就在他到任后的第三日，关宁军在祖大寿的率领下回到了京师，孙承宗亲自去见了祖大寿等人，见到祖大寿当面就毫不客气地痛骂了他们一顿，面对孙承宗这位老上司，祖大寿包括关宁军诸将哪里敢分辨一个个乖的和鹌鹑似的，低头站在那边一声不吭。
等骂完了，孙承宗就命令关宁军回到原来的防线，并警告他们一切以国事为重，不要再行自误，祖大寿等人表示之前的举动做错了，态度诚恳认错，愿意听从孙承宗的指挥。
可孙承宗自己都没想到，前脚刚刚安排好了回来的关宁军，对京师的布防也重新做了调整，还没等孙承宗进行下一步也就是调集各部军队准备和建奴八旗开战的时候，突然一道圣旨又到了。
这一道圣旨居然是让他去通州，因为刚刚接到消息建奴八旗有强攻通州的迹象，通州方面告急，崇祯皇帝决定派孙承宗去通州和建奴作战。看见这道旨意，孙承宗是哭笑不得，这一出出的朝令夕改，也不知道崇祯皇帝究竟是怎么想的，更不明白他是怎么决定下这道旨意的。
原本如果按照孙承宗计划根本不会有这样的事，在关宁军回来的半路上直接就让关宁军掉头北上去蓟州和遵化，同时派兵增强通州的驻防。只要明军这么一动，皇太极根本就坐不住，到时候皇太极为防备后路被抄退路被断，必然回军，那么整个战局的主动权就到了明军手里，不再会给建奴牵着鼻子走。
可之前崇祯皇帝没有同意孙承宗的计划，而是硬把孙承宗留在了京师让他主持京师守备。现在才几日功夫，崇祯皇帝的想法居然又变了因为通州传来的消息崇祯皇帝突然就下了这么一道旨意，让孙承宗去通州主持战事简直就是瞎指挥。
孙承宗断定通州根本不会有事，就算通州有八旗出没那也是偏师而已，绝对不会是皇太极的主力部队。凭着通州的驻军就算野战打不过八旗，可要做到守住通州城是绝对没问题的。仅仅凭着模棱两可的消息就让自己从京师去通州，也不知道崇祯皇帝究竟是怎么想的。