接着，徐宪成让孙元化在待罪时还需配合他行事，按照他的安排来向外发布命令。这个要求让孙元化微微一愣，他马上就明白了徐宪成想要干什么，正试图开口说什么。
可话到嘴边，孙元化却没说出口，眼下连他都成了待罪之身，何谈他人呢既然徐宪成要这么干，他是根本阻拦不住的，而且就算他不配合，以他对徐宪成的了解也绝对能干成。与其如此，倒不如按照他的意思来吧，至少自己参与其中也能少些杀戮，避免更糟糕的结果。交代完后，见孙元化没有反对，徐宪成终于松了口气。
在来见孙元化之前徐宪成和李信商议后就做了几套方案，以应对各种可能发生的情况。
但他们没想到，最终采取的方案是原本的备用方案，因为他们在见孙元化之前都觉得自出了孔有德之事后，以孙元化的智商总等醒悟过来，那么接下来就是妥善安排应对，开始备战了。
可最终的结果却令人意外，在这种情况下孙元化依旧沉浸在自己的幻想中，幼稚到不愿意相信事实，更冒险做出了这样决定的程度。这样一来，徐宪成和李信是绝对不能让孙元化继续这样下去的，他们更不可能去冒这样的风险，尤其是对目前来看成功率极小的决定去赌一个结果，一旦这么做了，孙元化一个人身死也就罢了，可跟着他陪葬的却是莱登数十万百姓和整个山东的百姓，还有大明的安危啊！
无奈之下，徐宪成终于用了最后一招，直接拿出王命旗牌夺了孙元化的职权，亲自接过莱登军政大权。
处置完孙元化后，徐宪成就让孙元化以巡抚的名义去通知登州诸将来巡抚衙门开会。
这个安排理所当然，随着孔有德造反的消息传来，孙元化在最初的惊愕之后就做了开战的准备。给总兵张可大的命令刚刚已经发出，但登州这边的安排还没来得及布置，刚才和徐宪成所说的仅仅是孙元化的打算罢了，亏得徐宪成他们来的快，要不然就覆水难收了。
登州城并不大，整个登州是个海港城市，靠近海防那边的蓬莱有着港口和要塞，巡抚衙门就在这边。至于朝内陆方向，登州城也算得上是坚城了，登州城内有部队四千余人，其中山东军一千五百，辽军二千出头。
如果加上孔有德原本的部队也属于登州，整个登州最初的兵力是七千余人，因为孙元化重用辽将的缘故，城中将领大部分都是辽人，其中中军参将耿仲明，游击将军张焘，还有千户陈光福等。
此外还有部分山东军将领，另外登州城内还有一支特殊的军队，这支军队是孙元化通过教会从澳门聘请的葡萄牙雇佣军。
孙元化的老师的是徐光启，徐光启不仅是朝廷大员，还是天主教徒，因为受到老师的影响，孙元化也入了天主教，和教会关系密切，正是因为这个缘故，孙元化一向对西学有着浓厚兴趣，并且精通数学和火器制造。
就任莱登巡抚后，考虑到莱登防御和火器的运用，孙元化求助于徐光启和大名鼎鼎的汤若望，从澳门聘请了一支葡萄牙雇佣军。
这支雇佣军人数并不多，仅仅只有三十多人，但个个精通火器，尤其是善操大炮，来到莱登后协助孙元化重新布置莱登防御，给予了诸多帮助。
随着巡抚衙门通知诸将开会的消息传达，半个时辰后，这些将领陆续来到巡抚衙门。
当他们进到二堂，看着坐在上位的孙元化脸色极为难看的模样，众人也不意外。毕竟孔有德反叛的事大家都已经听说了，当初孔有德来投奔孙元化，孙元化是如此对待孔有德的大家心里都清楚，从这点来讲孙元化不仅是孔有德的恩人，更对他信任有加。
不仅冒着风险奏请朝廷任命孔有德为骑军参将，更把辽军中最能打也最为精锐的骑兵交了他统领。此外，孙元化还想尽一切办法安顿辽民，从牙缝里挤出钱粮来给大家，作为一个上司能做到这点在整个大明都是极其罕见的，孔有德怎么反的大家还不清楚，可问题在于这家伙造反后居然掉头来打登州，恩将仇报如此，孙元化脸色会好看才奇怪了呢。
在孙元化的左右坐着两位身穿官袍的官员，这两人大家也都认识，是前些时候代表朝廷来莱登巡视的京官。其中年轻些的是徐宪成，别看他年龄不大，官却不小，不仅是兵部郎中，还是都察院的右佥都御史，几乎和孙元化平级了。
那年龄稍长些的叫李信，是徐宪成的副手，也是兵部主事。这两人算是半个钦差，地位自然不同，而且孔有德反叛事可不小，如今他们恰好就在登州城，孙元化要开军事会议，他们完全有资格参与其中。