总参议府就是总参谋部，只不过叫法不同罢了。
朱慎锥自把孙承宗弄到京师后就开始着手对军队下手了，由于之前的内外战争，大明军队已同之前变化极大，尤其是当年流寇横扫几省的缘故，在这些省份中大明原本的卫所制度遭到了极大破坏，而为了解决流寇问题，当初的崇祯皇帝不断从九边调兵，以边军替代地方军队围剿流寇，甚至专门设置了五省总督这样的职务，用来解决各地流寇问题。
朱慎锥当了监国后对围剿流寇的军事行动进行了调整，并且在他的一系列布置下各股流寇陆续剿灭，安抚地方，最终平定了内患。可由于多年的内患引发的战争，不仅让地方一片狼藉，也使得军中陆续出现了诸多山头。
朱慎锥顺势以新军为基，不断整编和吸纳各支军队，同时也借此机会对地方卫所制度进行改变。但问题在于那些领兵的大将们的安置，虽然相续对其功进行了封赏，甚至封爵，可军中山头现象依旧要解决，尤其是几个手握重兵的将领们。
通过调动防区，另行任命职务，整顿边关等各手段，逐步达到消除这些军头尾大不掉的情况。在其中，朱慎锥用孙承宗是一手好招，毕竟这些人中大多数都是之前辽东的将领，也就是说是孙承宗原来的部下，所以孙承宗出面比任何人都为合适，就和吴襄一样，让孙承宗劝告他们交出手中的兵权并且来京，从而由朝廷和新军将领陆续接管部队，或者调任安置。
现在这件事做的已差不多了，眼下左良玉、曹文诏、曹变蛟、黄得功、贺人龙他们五人已先吴襄入京，分别在五军都督府任职，同时也在总参议府担任相应职务。
从名义上来说，他们这些人是升官了的，可实际上是避免他们继续掌控军队导致手中的军权膨胀而脱离朝廷的控制。而且这些将领虽然能打，可毕竟不是朱慎锥一手提拔起来的，再加上这些人中不少人性子桀骜不驯，放在外面朱慎锥并不放心。
把他们弄来眼皮子底下看管，放到新的地方先磨一磨性子，另外可利用他们的能力和经验把总参议府给建立起来。此外还有武学方面，这些人都是身经百战的将军，让他们去武学传授自己打仗的经验和本领，也算是人尽其用了。
当然朱慎锥也没一股脑地把所有将领全部弄来京师，比如高杰等人就依旧留在地方，毕竟这是一个循序渐进的工作，不能操之过急，更重要的一点，把这些人弄来京师不是用来闲置的，是有着大用的，这些都是人才，朱慎锥不会把人才全部一棍子打死，未来还需要他们继续领兵呢。
吴襄到京后，总参议府已经正式成立，总参议府名义上归属五军都督府，其官职和地位等同于前后左右中五军，直接归于朱慎锥掌控，向皇帝负责。
总参议府内设置左右总参议，参议同知、参议佥事等各项职务，内部再按照五军都督府设置对应前后左右中五军参议部，每部另设左右参议，此外其下还分列各部门机构，负责作战、情报、通信、军训、军务、动员、装备、机要、测绘、外事、管理等各项工作。
可以说这个总参议府是朱慎锥按照现代总参谋部的框架来设置的，但根据目前实际情况进行了相应调整。表面来看只是皇帝在五军都督府机构内部增设的一个部门，可实际上是未来用其替换五军都督府的重要部门。
五军都督府是朱元璋设立的，其来源于明朝之前的枢密院，作为皇帝用来掌控军队的最重要机构。
可惜在土木堡之变后，于谦临危受命在京师以兵部尚书的名义全盘接管了军队，就此原本大明以五军都督府和兵部相互制约的结构彻底打破，文官所掌控的兵部取代了原本因为由勋贵和武将执掌的五军都督府职权，从而造成了五军都督府逐步失去实际军权，最终转为文官集团掌兵的结果。
虽然在英宗后期和之后历任皇帝的努力下，一直打算重整五军都督府，把原本属于五军都督府的职权从文官手中拿回来。可惜的是因为文官集团的力量过于强大，再加上已到手中的职权怎么可能轻易交出，所以几任皇帝都没能达到这个目的，而且勋贵中可堪用人也寥寥无几，仅凭皇帝根本就做不到，无奈只能退而求次，最终五军都督府名存实亡，除去勉强和文官一起掌控京营外，再无其他权力。