朱慎锥愤怒无比，他甚至有马上派锦衣卫去福建捉拿郑芝龙，直接处置的打算。
不过这个念头刚刚冒出来就被朱慎锥强压了下去，捉拿郑芝龙可不是那么容易的，郑芝龙不是当年的毛文龙，更没有毛文龙对大明的忠诚、畏惧，袁崇焕能以一把尚方宝剑就能矫旨杀掉毛文龙，可如果这件事放在郑芝龙身上别说杀他了，恐怕郑芝龙当场翻脸，先下手为强了。
要知道郑芝龙本就是大海盗出身，是靠着自己的一刀一枪赤着膀子在大海中搏杀出来的。能够在海盗这份“很有前途的”事业中做到如此地步者寥寥无几，除去嘉靖时期的大海盗汪直外，也就郑芝龙一人了。
而且郑芝龙在被朝廷招安后摇身一变就从海盗成为大明朝廷命官，而他的手下也全成为了官军。背靠着大明朝廷这颗大树，郑芝龙以清除南海各股海盗稳定大明沿海的名义对之前的竞争者们下狠手，仅仅几年时间和郑芝龙不对付的那些各股海盗不是被他逐一吞并就是消灭，从而彻底完成了他全面掌控南海的意图。
现在郑芝龙可是南海霸主，整个福建水师都是他的人，而且他手下精兵强将数不胜数，军力强悍的很。这也是之前朱慎锥在授军衔的时候特意把郑芝龙授为金吾将军衔（上将），这军衔在大明已是顶尖了，和他等同的只有寥寥几人，其中就有王晋武、周安民、黑云龙、吴襄、秦良玉这些人。
之所以这样安排，朱慎锥也是存着招揽郑芝龙的想法，毕竟郑芝龙的福建水师作用极大，是大明镇抚南海的重要军事力量。而且还有一点，那就是朱慎锥对郑芝龙的儿子郑森（郑成功）的特殊感官，毕竟朱慎锥在后世对这位历史书上的民族英雄是有极大好感的，爱屋及乌之下，他也不想因为郑芝龙的缘故过分逼迫，所以采取怀柔的政策，意图感怀郑芝龙，如郑芝龙明白这个道理和郑鸿逵一样忠心为国家做事，区区军衔甚至爵位和荣华富贵又算得了什么呢？
可没想到郑芝龙这狗东西贼心不改居然做出这等事来，这不仅是欺君这么简单，甚至可以说是心怀不轨了。如果让郑芝龙继续这样下去，那么情况是异常危险的，一支如此强大的水师，还掌控着数量不少的陆军驻扎在福建，一旦郑芝龙反叛，那么大明东南半壁就彻底乱了。
鉴于这些原因，仅仅想靠几个锦衣卫再加一道圣旨根本就不可能拿下郑芝龙，而且就算侥幸成功也会导致恶劣的后果。无论到时候郑芝龙是死是活，他的部下必然会爆发叛乱，一旦叛乱发生不仅福建会乱，就连福建比邻的浙江、广东等地同样会大乱。
再加上郑芝龙拥有的海上力量，他包括他的部下们再一次成为海盗，那么大明沿海地区再无安宁，其后果恐怕要比当年的倭寇之乱更为严重。此外还有山东的郑鸿逵，虽然郑鸿逵不是郑芝龙，他对于朝廷的忠心也是实实在在的，可毕竟他是郑芝龙的亲兄弟，如果郑芝龙反叛，郑鸿逵会是什么态度呢？就算郑鸿逵大义灭亲站在朝廷这边，可满朝文武又怎么看待这件事？会不会给山东水师带来极大影响？这些都是无法确定的变数。
假如因为郑芝龙的原因影响到了郑鸿逵甚至山东水师，那么朱慎锥这些年辛辛苦苦所做的事就前功尽弃，不仅会对目前对外贸易遭受巨大打击，刚刚缓过气来的大明财政会就此出现问题，而且辽东那边的战略部署也会出现大麻烦，没了山东水师的绝对压制，皮岛的驻军意义几乎废了大半，再加上对辽东的战略封锁和经济封锁也会全面崩溃，这直接影响到了整个战局。
牵一发而动全身，作为皇帝朱慎锥知道自己不能意气用事，虽然他现在对郑芝龙恨得牙痒痒的，恨不能直接把这狗东西锁拿来京，亲口问问这个狗东西为何如此贪婪？为何就不能好好效忠于朝廷？又为何要养寇自重欺瞒君父？刨开这狗东西的胸膛，掏出他的心好好看看，究竟是不是黑色的。
把怒火强按下去，朱慎锥权衡利弊之后决定依旧暂不动郑芝龙，毕竟现在动他后果实在太严重了，大明经受不起这样的波折。
但不动郑芝龙不代表朱慎锥什么都不做，他当天就让锦衣卫都指挥使吴孟明入宫，仔细和他交代一番，让锦衣卫悄悄增派人手去福建，严密监视郑芝龙及其家人、部下，这件事必须做的仔细隐秘，但凡郑芝龙的一举一动都不能放过，另外没有自己的旨意，也不许锦衣卫擅自对郑芝龙下手。
安排完锦衣卫之后，朱慎锥接着就准备对福建的官员进行了一番调整。原本自熊文灿之后，福建的官员就已进行了一次调整，但那一次调整幅度并不大，仅仅只是补了几个缺，调整了几个官员罢了。
而这一次却是不同，朱慎锥准备让徐宪成以监察司的名义借之前江南案对浙江、福建、江西、广东这四个省联合都察院派出巡察御史，进行官员考核，借此名义打算撤换这些省份的官员。
表面上是针对四省，可实际上针对的是福建地区官员，其他三个省只是幌子。未来一年中，朝廷会陆续撤换调整福建尤其是厦门、泉州、福州的地方官，这些官员中和郑芝龙有所瓜葛，甚至早就被郑芝龙暗中收买的官员更是重中之重。
把这些官员调整撤换，这样就能加强对福建的地方控制，减弱郑芝龙对福建地方的影响力，从而让朝廷更强掌控这些地区。