莫桑比克的遭遇只是路途中的一处，虽然这件事让王夫之等人感慨万千，可他们的使命还要继续，航程也未能完成。
在这里等了将近十几日的时间，终于洋流和天气情况开始好转，也到了最适合绕过好望角时候。
舰队从莫桑比克继续出发，向西南航行，最终抵达了非洲大陆的最南端，随后就是绕过好望角再北上，朝着最后的目的地欧罗巴而去。
虽然为了安全挑选了合适的时间，可好望角的风浪多变就算是后世的气象技术也无法确定。这个地方往往前一刻还是碧空万里，后一刻说不定就风云突变，平静的海面上随时会掀起风暴，让路过的船只谈之色变。
王夫之他们的舰队在做了充足的准备下也没彻底避开风暴，就在即将完成绕过好望角的最后时刻，一场风暴突然来袭，整支舰队在大自然的威力之下，哪怕是巨大的盖伦船也无法和狂风暴雨所抗衡，各船苦苦支撑，船长和水手们使出了浑身解数，控制着船只在狂涛骇浪之间航行，期望能尽快冲出风暴圈，逃出这可怕的地带。
整整一日，王夫之他们经历了这一次航行最危险的时刻，甚至就连郑鸿逵在这样的风暴之下都有些绝望了，觉得这一次恐怕得随着船一起沉入大海喂王八去了。
但他们的运气终于还是不错，等到下半夜的时候，他们的船终于冲出了这片风暴区域，来到了相对平静的海面。而到了第二日太阳升起，原本七艘盖伦船组成的舰队只剩下了五艘，而另外两艘却不知所踪，也不知是因为风暴的原因迷航被吹远离了航线，又或者直接沉入了海底。
就算剩余的这五艘船，船体或多或少也有损伤，就连船上的水手也失踪了好几个。这些失踪的人绝对是不可能生还的，大海就是这样，水手在海洋上什么情况都可能遭遇，每一次出海等于和生命进行搏斗，幸运的渡过，不幸的就融入了海洋之中。
接着，剩余的五艘船重新组成舰队向北航线，来到了位于非洲大陆西海岸大洋中的圣赫勒拿岛进行休整。
在这里同样是葡萄牙人设置的临时补给点，但同他们途经的果阿、莫桑比克不一样，这里没有总督府存在，仅仅只有几个葡萄牙人派驻的官员，而且这里也不拥有完善的码头和船坞，无法对损失严重的船只进行修补，仅仅只能勉强处置一下，临时补充罢了。
在这里，舰队指挥官和王夫之他们商议了下，决定等一等那两艘失踪的船只，也许这两艘船因为风暴的原因偏离了航线，只要他们还幸存着，必然会来这个补给点汇合。
王夫之表示赞同，毕竟这两条船虽然是葡萄牙人的，但这两条船上也有大明使团的人存在。整个使团的人可不少，除了王夫之和郑鸿逵在旗舰上外，跟随使团出使的成员包括军士都分散在其他各船上，这些可都是自己的同胞部下，王夫之自然是希望他们能够顺利回来。
如此，他们一行在圣赫勒拿岛等候了近十日左右，除了尽量修缮被损坏的船只外，就等着失踪的两条船来汇合。可等来等去，最终只等来一条伤痕累累的船，而另一条船却依旧不知所踪。
再等了几日，依旧没有消息，所有人都觉得还有一条船恐怕是等不到了，而这时候他们在圣赫勒拿岛停留的时间也不短了，商议后决定把受伤的这条船上物资和大部分人转移到其他船上，然后留下一部分水手在圣赫勒拿岛休整，顺便再看看是否有机会等到最后一条失踪的船，而舰队主力继续北上，先返回欧罗巴。
从圣赫勒拿岛直接向北，穿越赤道，就抵达了非洲西部区域，然后继续向北绕过非洲大陆在最北边的突出部位，沿着海岸线往北航行，欧罗巴就近在咫尺了。
当舰队穿过直布罗陀海峡后，北边就是葡萄牙和西班牙的所在，曾经葡萄牙因为国王塞巴斯蒂昂一世战死，塞巴斯蒂昂一世因为没有后裔，由当时的国王的叔叔恩里克红衣大主教接任王位，并称为恩里克一世。恩里克当国王时候已经年纪不小了，而且他是主教从未成婚，几年后去世无嗣，阿维什王朝就此没了直系继承人，从而被西班牙趁虚而入统治过一段时期，在这个时期葡萄牙进入了哈布斯堡王朝统治时期，由西班牙国王代为统治。