随着三法司开始介入此案后，案情逐步明了起来。
很快，这个件事也渐渐被外界所知晓，当知道居然有人暗中谋划叛乱，甚至打算帮着已经退位的朱由检复辟夺位时，大部分臣民们都无法想象居然会发生这样的事。
之前的大明如何，现在的大明又是什么情况，大家的眼睛不瞎，尤其是普通百姓更能感受到其中的不同。
大明好不容易出了个中兴之主，可却有人要谋反，让大明回到之前的时代，再想崇祯皇帝在位时大明的糟糕局面和地方的民不聊生，谁愿意好日子不过，再去过这样的日子呢？
一时间群情激奋，痛骂叛乱者数不胜数。当然也有不少人为此案开脱，尤其是为牵连其中的故交好友说话的，无非是说些老生常谈的言论，可在大局之下这些言论却起不到什么效果，甚至被许多百姓所痛恨。
案情很是明了，再加上锦衣卫出手极快，几乎把牵连此案的人一网打尽。何况这些人能做出这样的事，除了极少部分因为自我洗脑已入魔障者外，大部分人并没多少风骨，没怎么拷打就一五一十承认了自己所为，痛哭流涕悔过，以期望能保全性命，放过其家人。
但这怎么可能呢？如此谋逆大罪历朝历代都不可能轻易放过，为首的几十人铁定就是死罪，这些人中有朝廷的官员，有士绅大族，甚至还有勋贵在其中。无论他们出于什么目的，既然做了这样的事，他们的结果是注定的。
就算三法司有意控制案情走向，尽量少牵连人，可对于这些首恶的看法却是相同的。在这种情况下谁都不敢说轻判的话，一旦提出这个建议那么不等于把自己和这些谋逆者画上等号了么？人都有自保心态，证据确凿之下，这些人断然没了生路。
但在其他牵扯此案的人群中，不仅是三法司，包括内阁方面提出是否可以轻判，毕竟许多人并不知道真相，仅仅只是被利用或者因为其他原因参与了此案，虽有罪，但罪不至死，希望皇帝能开恩留其性命。
这样的情况早就在朱慎锥的预料之中了，朱慎锥一开始坚决不同意，认为既然作为谋逆大案的同犯，不管是否直接参与或者不知真相，既然做了就要承担做的后果。
别说这些人了，就连参与闹事的太学生和学子，朱慎锥也打算狠狠杀一批，毕竟以大明律来定案，要杀这些人在法理上是没问题的，当年朱元璋几次大案中杀了那么多人，难不成这些被砍了脑袋的人都是罪人？实际上大部分只是受到了牵连罢了，可杀就杀了，又能如何？
不光是朱慎锥有这样强硬的态度，就连朝廷中不少官员也表示必须杀一儆百，这些人中有朱慎锥的班底，也有后期投靠朱慎锥的臣子，另外还有一些意图借这个案子在皇帝面前表忠心，意图借这个机会飞黄腾达的投机分子，这些人态度坚决，鼓动皇帝严厉处置所有犯人，并说只有这样才能杜绝后患，震慑天下。
在这个时候，谁都没想到太子朱敏澜却站到了皇帝的对立面，表示只诛首恶的态度。认为一旦全部杀了实在太过，上天有好生之德，虽这些人牵连此案，可并非首恶，大部分人仅仅只是牵连和蒙蔽，所谓知错能改善莫大焉，为君者当以仁治天下，恳求皇帝不要株连过多，以示君恩。
为此听说太子和皇帝争吵不休，皇帝恼怒之下甚至要揍太子一顿，痛骂他这是妇人之仁，为君者怎能如此心软？当断不断反受其乱，他们既然做了这样的事，就要承担这样的后果。
可太子却寸步不让，同皇帝据理力争，甚至为了逼迫皇帝让步，太子还在宫中绝食抗争。在这种情况下，皇帝勃然大怒，据说还起了要废太子的打算，多亏皇后得知后赶来相劝，再加上闻讯而来的几位重臣苦苦相劝，最终才让皇帝没下狠手废太子。
就这样，皇帝和太子针锋相对好几日，太子始终不肯让步，再加上皇后劝阻的缘故，皇帝最后也没了办法。无奈之下，皇帝只能招来内阁阁老和三法司官员商议，最终略微让了些步，在除去首恶必诛外，其家人勉强留了性命，男的流放，女的入教坊司。而其他牵连之人按照情节轻重，除定罪杀了几人外，其余人判决抄家流放，至于闹事的太学生和学子，革去功名，不得再入科举，但因为太子求情网开一面，没有牵连家人，也就是说他们的子弟亲属不在此列，不受株连。
这样的结果虽不是最好的，可也不是最差的，最终也被绝大部分人所接受。而且太子因为此事同皇帝争论甚至以身要挟逼迫皇帝让步的消息传出去后，民间对太子的好感日甚，甚至这件事从京师逐步传到大明其他省份后，太子的口碑和声望不断上升，无数人交口称赞太子的仁德，认为大明有这样的储君实乃大明之幸也，大明不仅能够中兴，未来更能开创一个前所未有的局面，再现当年盛世。
在这种情况下，太子朱敏澜的名声大噪，风头一时无二。