侥幸逃脱一难的洪旭和甘辉眼下恨不得把郑芝龙抽筋剥皮呢，怎么可能继续效忠？其他人兔死狐悲同样对郑芝龙的作为强烈不满，就这样，郑氏集团内部彻底分裂，再加上洪承畴在善后工作中并没做任何牵连，甚至还以总督的名义安抚了诸人，这样一来也没人愿意为了郑芝龙的缘故反叛朝廷了。
就算是郑氏集团内部也是如此，洪承畴顺势就以闽浙总督的名义让郑芝莞接管了福建水师，虽然名义上只是暂领，可实际上郑芝莞等于取代了郑芝龙成为了福建水师一把手。
此外，郑芝莞还拉拢了郑联和郑彩等人，对他们许下了承诺，为了各自的利益，郑联和郑彩作为郑氏族人也认清了事实，直接抛弃了郑芝龙、郑芝豹兄弟，从而转为支持郑芝莞，联手掌控福建水师。
但郑芝莞的算盘虽然不错，可惜他根本没想到洪承畴从一开始就没想过让郑芝莞彻底取代郑芝龙的打算。解决郑芝龙的主要原因是因为郑氏集团的影响力和其强大的水师包括陆军，再加上郑芝龙对朝廷的阳奉阴违和拥兵自重。假如仅仅只是换一个人上位，这根本就是治标不治本，如果这样的话别说洪承畴不愿，就连朱慎锥也是绝对不想看到这个结果的。
洪承畴老谋深算，哪里不明白皇帝真正的想法？既然动手了，就要彻底消除掉后续的隐患。
表面上让郑芝莞取代郑芝龙，可实际上在目前情况下郑芝莞根本就成不了第二个郑芝龙。
因为郑芝龙的缘故，郑氏集团内部已实际分裂了，不仅是那些郑氏外族人在洪承畴的授意下转投了朝廷，以同郑芝龙划清界限，就算是郑氏族人内部同样也是如此，比如郑芝莞所拉拢的郑联、郑彩他们难道就愿意听从郑芝莞的命令？根本就不可能！大家都是自己人，谁也不比谁来得强，而且各自都握有一定的兵权，凭什么你能当老大我们就不能当？表面的合作只是暂时的，内斗也是一定的，未来就算是郑芝莞真正当上了福建水师提督，他也不可能和郑芝龙一样把整个郑氏集团牢牢掌控在手中。
还有个关键，那就是郑芝龙和郑芝豹。教堂事败后，这两人就被洪承畴给控制了起来，洪承畴并没把他们关在大牢中，而是软禁在郑芝龙的府邸，就连他们的家眷也做了妥善安置，没有怎么样。
虽然失去了自由，但待遇却不差，洪承畴事后还亲自去见了一趟郑芝龙，关起门来和他做了一番长谈。
外人并不知洪承畴和郑芝龙究竟谈了些什么，但这一次谈话之后郑芝龙从一开始的抵触开始转变为了配合，不仅把他在郑氏集团内部的其他一些隐藏力量交代了出来，转移给了洪承畴，此外还以他本人的名义公开表态，给朝廷上了个谢罪折子，表示自己之所以做了这样的错事完全是因为郑芝豹的挑唆，如今他后悔莫及，更知铸下大错无可挽回，为此上书朝廷，自请去职，闭门思过，以求得朝廷的原谅。
最终，朱慎锥同意了洪承畴的建议，以陈豹之死为罪名，革去了郑芝龙福建水师提督之职，但考虑到郑芝龙是受了小人蒙蔽，不是主谋，其龙虎将军的军衔和爵位依旧保留，令闽浙总督衙门送其来京，在京师择地居住闭门思过。
至于郑芝豹就没那么容易了，作为“主谋”郑芝豹的下场可不像郑芝龙这样，不仅全部职务军衔没了，还因为犯了谋害朝廷命官，擅杀大臣的罪名判了个“斩监候”，押解至京师诏狱看管。
以后郑芝豹是杀还是流放，这要看福建那边的情况变化。
而随着郑芝龙和郑芝豹兄弟此事的尘埃落定，郑氏集团的势力就此分崩离析，内部实力派各自为据，洪承畴也就有了机会直接从中下手，慢慢分化，最终在朝廷的旨意下用掺沙子、调任、重新整编等各种手段逐步拆散郑氏集团的力量，等到那时候庞大的郑氏集团就此烟消云散，再也不足为患。
郑芝龙的问题终于解决，这让朱慎锥心中的一块大石也算落了地。解决了此事后，东南就没有了隐患，而洪承畴也能以闽浙总督的身份主持后续征讨小琉球的荷兰人，从而收复此地。
荷兰人当初之所以能盘踞在小琉球，并在岛上修筑城池，奴役岛上居民其根本原因就在于郑芝龙的故意放纵。要知道凭借郑芝龙的实力，小琉球就在他的眼皮子底下，离着厦门仅咫尺距离，没有他的允许荷兰人就算再强也不可能做到这个地步。