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这一场闹剧，终于还是落下了帷幕。
朱棣的诏书在次日也颁发下来，向天下人宣告：胡惟庸、蓝玉里通外敌，跟着倭国足利尊氏合谋造反，幸得皇上圣明及早识破，三位首恶已经伏诛，涉事官员尽数收监受审。
一夜之间，胡惟庸自尽，蓝玉被杀。还有数十名京官的阖府家眷被收押诏狱，跟胡惟庸和蓝玉有通信的上百名官员各地官员和校尉武将都被各地官府收监押往京城受审。
接下来朱棣便乘势对朝廷展开了大清洗，首先是造反案的首恶胡惟庸，罪大恶极被判满门抄斩，他浙江老家的胡氏一族中的读书人尽数革除功名，侵占百姓的财产尽数归还，并且还要抄家赔偿，查有曾犯案者按律斩首。至此，在浙江根深蒂固数百年，显赫无比的胡氏一族算是被彻底铲除。
蓝玉因为跟皇族有亲戚关系，仅判全家流放充军，褫夺国公爵位，上千名义子尽数被捕，同样流放充军。
顺着胡惟庸和蓝玉两人为线索，扯出了足足数百名官员，他们下狱的下狱，抄家的抄家，撤职的撤职，短短三四个月之内，就已经有大大小小数百名官员下马，胡惟庸和蓝玉背后的文武两大集团，被尽数连根拔起。
一时之间，朝廷的官员们都尽皆颤栗发抖，连忙撇清跟胡惟庸和蓝玉之间的关系，往日热衷于结党营私的官员们也为了避嫌不敢跟其他官员走动，生怕被朱棣这头吃人的老虎盯上自己。
本来就跟朱元璋一样忌惮宰相权力的朱棣，借着这次胡惟庸造反案的机会，废除了权力大得离谱的宰相一职，成立了内阁来取缔宰相，宰相的职权被拆分成了好几份，分别由内阁三个首辅来掌管，总言之就是宰相由一个职位变成了内阁这个机构，内阁里三个首辅互相平衡，防止像之前胡惟庸那样一家独大，出现文官抱团的情况。
说起来也是凑巧，这内阁首任的三个首辅都姓杨，分别是杨荣、杨溥和杨士奇，都是往日里德高望重，人品能力兼优的大臣。
在这期间还有一件大事。
倭国幕府将军足利尊氏胆大包天，妄图颠覆大明，被叛夷三族。后醍醐天皇御下不严，深感愧疚，上旨大明天子永乐皇帝，自请削去天皇头衔，愿从此为大明子民。
永乐皇帝欣然应允，赐后醍醐为大明指挥使，率大明军队驻守治理倭国，怀良亲王也削去王爵，赐副指挥使，辅助后醍醐。
当然，这也不过只是说得好听而已，实际上本来就是傀儡的后醍醐，自然是半点实权都没有，就连怀良亲王这个南朝的实际掌控者，也被彻底架空，驻守倭国的大明军队只听令于朱棣派去的官员。
至此，倭国算是变相的亡了国，成为了大明实际上的附庸，连藩属国都算不上。假以时日之后，就会被慢慢消化，彻底成为大明的领土。
对此，倭国的国内也有激烈的反应。
在跟随大明的军队回到了倭国之后，后醍醐天皇在大明官员的虎视眈眈之下，下了一道诏书，声明自己并不如传说那样，是创世神天照大神的后裔，所谓的天皇不过是普通凡人罢了。如今他要自削去天皇称呼，从此成为大明的一名指挥使，并且命令倭国民众要从此效忠于大明，对大明天子永乐皇帝陛下忠心不二。
对此，倭国的豪门贵族以及武士们都无法接受，纷纷起兵作乱。尤其是足利尊氏的老巢倭国北朝，在足利尊氏残余族人的带领下，跳得最凶，直呼后醍醐没有资格当天皇，自己从皇室旁支之中找了个支系立为傀儡，征讨后醍醐以及明军，想要恢复以往南北朝割据的局面，而且因为后醍醐自削天皇称号的关系，就连南朝这边都有不少贵族加入到北朝的反抗军之中。