在联盟紧锣密鼓开展研究时，宇宙暗处，一股新的势力正悄然崛起。一个自称为“暗影议会”的组织，由一群对联盟规则不满、渴望掌控强大力量的文明残余势力组成。他们得知“黎明号”的发现后，对隐藏维度的技术垂涎三尺，妄图窃取技术以实现自己统治宇宙的野心。
暗影议会派出间谍，渗透到联盟内部，密切关注联合研究小组的进展。在地球，一名科研助理在一次偶然的机会中，发现自己的研究数据被莫名篡改，且有不明来历的人试图访问机密文件。他将此事报告给陈硕，陈硕意识到事态严重，立即加强了实验室的安保措施，并通知林夕。
林夕一边安排地球安保部队彻查此事，一边向联盟汇报。联盟情报部门迅速展开调查，发现这一系列异常事件背后似乎有一股神秘势力在操纵，且与暗影议会的活动轨迹存在关联。“我们不能让暗影议会得逞，这些技术关乎宇宙的和平与稳定，绝不能落入他们手中。”林夕在联盟紧急会议上神情严肃地说道。
联合研究小组在研究过程中，遭遇了一系列神秘干扰。实验设备频繁出现故障，数据丢失或被篡改，研究进度严重受阻。陈硕发现，干扰源似乎来自宇宙深处，是一种他们从未见过的能量波动，这种波动巧妙地避开了联盟的探测系统，精准地攻击研究设施。
“这明显是有针对性的破坏，暗影议会很可能已经掌握了某种先进的干扰技术，想要阻止我们的研究。”陈硕分析道。为了应对干扰，研究小组尝试调整实验设备的频率，设置多重防护屏障，但干扰依旧不断。林夕意识到，常规手段难以解决问题，必须主动出击，找出干扰源的具体位置。
“黎明号”再次启航，搭载着先进的探测设备，朝着干扰源方向进发。在航行途中，“黎明号”遭遇了多股不明来历的小型舰队袭击，这些舰队的武器和防御技术都远超普通海盗，显然是经过精心训练和装备的。郑宇带领战机编队顽强抵抗，在激烈的战斗中，逐渐摸清了敌人的战术特点，并成功击退了他们。
经过一番追踪，“黎明号”终于找到了干扰源所在的星球。这颗星球被一层厚重的能量护盾笼罩，周围部署着密集的防御武器。林夕命令“黎明号”保持隐蔽，派遣小型探测器对星球进行扫描。扫描结果显示，星球内部存在一个巨大的能量发射装置，正是它源源不断地发出干扰波。
为了进一步了解情况，郑宇带领一支突击小队，乘坐隐形穿梭机，突破防御，潜入星球内部。他们发现，这颗星球已被暗影议会占领，能量发射装置由一群疯狂科学家操控，他们为了获取隐藏维度技术，不择手段地进行破坏。
突击小队在与敌人的交火中，成功夺取了部分关于干扰装置的核心资料，并发现暗影议会计划在干扰联盟研究的同时，自己秘密建造一艘能够进入隐藏维度的飞船，抢先获取维度中的终极力量。郑宇将情报传回“黎明号”，林夕得知后，立即制定了摧毁干扰装置和阻止暗影议会阴谋的计划。