在拿下京城后，北直隶和山西各地传檄而定。喀尔喀蒙古再次败于招讨军后，彻底退出了燕山地区。
多尔衮，多铎按亲王礼葬在了清永陵也就是努尔哈赤陵墓的西侧。
武哈纳、李巴彦、松古里以及在这次战争中牺牲的将士们，一起安葬在了明十三陵西南边，虎峪山上的烈士公墓里。
前清各级官员包括八旗贵族，进行了分类处理。在郑成功必杀名单上的，只要被抓住了全部判处了死刑。那些罪过不大，且有心改过自新的，则送进了监狱进行改造。
对仅怀念前清但无实际威胁的官员，发放路费遣返原籍。对具备专业技能且无罪的旧官员，采取“各安职守，办理移交”原则，继续任用。
鳌拜在逃出京城后，带着手下人马和他们的家眷们，一直逃到了开封后才停下。虽然他在开封号令整个河南，并且打出了为多尔衮复仇的旗号，想要号召一些前清余孽。
但结果除了来了一堆包衣奴才以外，就没有其他八旗贵族鸟他。
吴三桂在逃走后直接向南逃到了徐州，投奔了南明。虽然他逃走时没能带走家眷，但是郑成功在进城后并没有为难他的家眷们。而是给了吴三桂家眷一个选择，愿意走愿意留自便。
大方面的事情办完，郑成功该安置一下自自己起兵以来，一直在京城隐藏自己，默默付出的大功臣了。
京城，湖里捞火锅店的密室里，郑成功见到了久违的二号。
“哥，这些年你辛苦了。很抱歉这些年让你受了这么多委屈。背了这么多骂名。”郑成功十分自责的说道。
“不，看到你带兵打败满清了，看到你带兵进城了，看到百姓安居乐业了。我感觉我所做的一切都是值得的，都是有意义的。我不委屈，也不怕背下这些骂名。”二号说道。
“还是我亏欠你太多呀。虽然现在我已经进城了，但是你却不得再次遁入黑暗之中，改头换面离开京城。”郑成功十分抱歉的说道。
“我明白，在京城里认识我的人太多，而且我还在你的必杀名单上，呵呵。”二号笑道。
“没错，从今往后你不能在使用‘林登图’这个化名了，‘二号’这个代号也将成为过去时。从今往后，我想让你以你的真名‘杨华’示人。不知你意下如何？”郑成功询问道。
“‘杨华’这个名我好久都没听到过了。现在听起来是那么的陌生。‘杨华’也好，‘林登图’也罢，都只是符号罢了。只要这个符号能够帮到你，叫什么我都愿意。”杨华讲道。
郑成功点了点头，又安排道：“杨哥，至于你的去处，我想听听你的意见。”
“你安排就好，无论是刀山火海，我都愿意去。”杨华表态道。
“我想让你回福建，组建对外情报局。专门负责海外各国情报。待十年后，人们渐渐忘记了你的模样，再回京城。不知你意下如何？”郑成功询问道。
“我干。”杨华十分坚定的答应道。
“好！那么从现在起，你的代号就变为‘深海’。”
“好！”