明智光秀远远收到震天的信号，时机已到，立马对全军下令：信长检阅我们的时候到了。敌在本能寺，出发！他命令明智左马介光春攻本能寺，明智治左卫门攻二条城和织田信忠泊宿的妙觉寺，明智光秀坐镇三条堀河。本能寺很快被重重包围，第一重四天王但马，第二重村上和泉，第三重三宅式部；且本能寺周围所有的出口都有200~300人负责把守。六月一日子时，明智光秀军团完成包围工作。
本能寺内，织田信长听到四周的动静与骚乱。最初还以为是侍卫们吵架，刚才爬起身准备斥责，忽听铁炮发射之声，阵阵鸣响。他马上明白了，是有人想反叛了，他对小姓森兰丸说：“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？！”
森兰丸出去了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，是惟任日向守的部队！”信长大惊：“明智光秀吗……”
森兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
知道明智光秀谋反后，织田信长亲自上阵，这时候本能寺已经炮火通天，到处都是大火包围，东瀛战国时代是最早用上火炮的。信长率小姓众奋战，但始终是寡不敌众。
信长众人边战边退，御马屋附近马郎、藤八、岩、新六、彦一、弥六、熊、小驹若、虎若等二十四人战死。
再退到御殿内的时候，森乱、森力、森坊兄弟三人、小河爱平、高桥虎松、金森义入、菅屋角藏、鱼住胜七、武田喜太郎、森兰丸等剩余小姓均战死。
不远的妙觉寺的织田信忠率本队1500人想前往救援其父，被明智治左卫门阻击，于京都二条城内自杀。
织田信长见大势已去，退入内室。不久以后，内室燃起熊熊的火光，一代霸主就在烈火中切腹自尽，灰飞烟灭。
本能寺之变从深夜到六月二日凌晨，这短短两三个小时改变了整个战国的历史。
明智光秀见织田信长已死，心中大喜，竟然真的成功了！但他没有被眼前的胜利冲昏了头脑，他立马命令所有人马立马撤离京都，返回安土城，要占领安土城。明智光秀害怕呀，害怕武神和蓝天碧云折回来。碰到他们，多少兵马都是没命的下场。
虽然除去了织田信长，但明智光秀心中还害怕一人对他胜利的成果产生威胁，那就是还在和毛利辉元对抗中的羽柴秀吉。明智光秀边往安土城退去边修书给支援高松城的毛利辉元，说织田信长已死，明智光秀愿与他合作，千万别放弃高松城。目的显然易见，就是想毛利辉元牵制住羽柴秀吉，待他在安土与京都站稳胜利的脚跟。
分别被武神与蓝天碧云追杀中的战神壬生京四郎与叶银城同时看到京都本能寺方向火光通天，均哈哈哈大笑道：“成功了！信长已死，东瀛武道从今天开始就是我们的天下！”
武神与梦天如云大惊，糟糕！调虎离山。知道战神与叶银城的目的，这个层次如果一味逃，自己也是没办法把他们击杀的。梦天如云与武神同时折返本能寺，看到现场灰飞烟灭、尸横遍地，三人一脸铁青！懊悔莫及。武神鬼眼狂刀对天怒吼：“到底是谁？我要他碎尸万断！！”武神震怒整个京都的声音，吓得逃往安土的明智光秀都心惊肉跳，冷汗直冒。