实际上，参与第二波空袭的那两架“鸵鸟i”并没有装载炸弹，炸弹舱被改装成额外的油箱，目的就是在空袭结束后继续滞留在斯卡帕弗洛港上空观察英国战舰的动向，两架“鸵鸟i”上都装有发报机，以确保能够将最重要的信息反馈回海德里希舰队。
10点45分，参加第三波空袭的所有飞行员接到通知，即使以机撞舰，也必须将斯卡帕弗洛港的航道堵塞，以断英国舰队后路。
11点整，在海德里希和众人的注视下，第三波66架飞机开始从“丽莎”号和“超级鸭妈妈”号上起飞。两架参加第一波空袭的“鸵鸟i”发生故障，未参加此次空袭。
11点30分，第三波66架飞机全部起飞并编队飞往斯卡帕弗洛港，包括20架“海鹰ii”战斗轰炸机、22架“鸵鸟i”轰炸机和24架“剑鱼”鱼雷机。
12点47分，第三波空袭飞机抵达斯卡帕弗洛港上空。此时英国大舰队的18艘无畏级战列舰、4艘装甲巡洋舰、4艘轻巡洋舰、10艘驱逐舰已经驶出港湾，其余战舰正在缓缓驶出航道。英国大舰队司令官杰利德站在他的新旗舰“乔治五世”号战列舰上，指挥着港外的舰队开始集结，收到“曙光女神”号轻巡洋舰发回的报告之后，尽管他不知道德国的轮船为什么可以起降如此之多的飞机，但他憋足气想要争回大英帝国海军失去的荣誉。
12点49分，马多尼少校再次高高地举起右臂在空中划了两圈：按计划进攻！
不论是战斗轰炸机、轰炸机还是鱼雷机，所有参与空袭飞机的首要目标都是正在航道中行驶的英国战舰，最前面的20架“海鹰ii”战斗轰炸机排成一列沿着主航道飞行，此时倒霉的老式装甲巡洋舰“勇士”号居然正好从第一次空袭中沉没的装甲巡洋舰“防御”号旁边通过，飞过“勇士”号头顶的“海鹰ii”一架架投下炸弹，1分钟之内20枚炸弹全部是朝它投掷的，结果在直接命中7发100kg航空炸弹之后，“勇士”号上层建筑已经塌陷，所有主炮都已扭曲成为无用的废铁，整艘军舰在燃烧中缓缓下沉，这条宽约30米的主航道几乎已被完全堵塞，只有小型拖船才能勉强通过。
在另外一条宽约20米的副航道上，几艘驱逐舰正缓缓驶过，那条航道一大半已经被第二波进攻中沉没的“无敌”号战列巡洋舰和“南安普顿”号轻巡洋舰堵塞，现在只能勉强通过轻巡洋舰和驱逐舰。此时英国排水量6500吨的轻巡洋舰“雷丁”号和排水量3500吨的驱逐舰“汤顿”号正在缓缓通过那条航道。不过经过前面两次空袭，英国人已经发现驱逐舰和部分轻巡洋舰上的机枪能够对低空飞行和投弹的飞机构成威胁，因此经过充分动员的驱逐舰和轻巡洋舰俨然成为英国海军唯一的防空武器。
12点53分，011号、012号“剑鱼”鱼雷机超低空向副航道投掷了两枚鱼雷，正当它们开始爬升和转弯时，“汤顿”号驱逐舰舰桥上的机枪喷射出的一长串白色的光点击中了011号的发动机，德国海军飞行员佩特雷特惊恐地发现他的“剑鱼”的发动机发出几声低沉的“咳嗽”声，随即从发动机里冒出一股黑烟，螺旋桨也很快停转了。
“见鬼！”佩特雷特用力地拍着飞机的发动机盖，但是炽热的舱盖烫得他大叫一声将手缩了回去。
“拉姆！我的飞机不行了！过来掩护我，我要找块地方降落！”他一边喊着一边努力地操作他的011号开始滑翔，航道另外一边有个数百米长的码头，上面空无一人。
“拉姆，我要过去了！一会儿下来接我！”佩特雷特看到012号的驾驶员拉姆朝他用力地挥了挥手，这才聚精会神地让他的011号朝码头降了下去。
很快，011号鱼雷机开始在并不平整的码头上跳跃，由于失去了动力，011号非常不稳，突然侧过机身左翼着地擦着地面滑行起来，木屑从机翼和机身上飞溅出去，佩特雷特闭着眼睛紧紧地缩进机舱里面。
终于，飞机停了下来，佩特雷特睁开眼睛向外观察了一下，不看不知道，一看吓一跳——十几个英国士兵正在距离码头20多米处的两栋房子之间大约2米宽的缝隙里猫着。双方呆呆地对视了几秒之后，英国人一边开枪一边冲了出来。幸好011号飞机的机头朝向英国人，发动机替佩特雷特挡住了英国人射来的子弹，他迅速拔出身上的鲁格手枪连续向英国人射击，两名英国士兵当场倒地，其他英国人出于自然反应立即趴了下来，他们伏在地上继续朝佩特雷特射击，子弹压得他不敢从机舱里面抬起头来，而机首的那挺机枪是被固定方向的，佩特雷特无法用它还击。几名英国士兵开始躬着要朝011号飞机摸了过去，就在这危急时刻，012号鱼雷机终于飞临这个码头上空，它在从离地3米的高度准确地将一梭子弹射到那群英国士兵身上，接着它在011号前方十几米的地方开始滑行，十几秒后停在了距离佩特雷特将近100米的位置。
“佩特雷特！快点上来啊！”拉姆在坐舱里面大声地喊叫着，一边拔出手枪准备掩护他。
佩特雷特抬头看了一眼前面的英国士兵，地上躺着6具尸体，另外四个英国士兵正在将另外两个受伤的士兵往回拖，还有两个举着枪掩护受伤的士兵撤退。他迅速用手枪向英国士兵射出弹匣里剩下的三发子弹，将两个举枪掩护的英国士兵放倒，接着从机舱里跳了出去，以最快的速度跑向拉姆。
10秒之后，佩特雷特距离拉姆的012号鱼雷机几乎只有10米的距离了，这时已经将伤兵拖回的英国士兵开始用步枪向他射击。就在爬上飞机的那一刻，佩特雷特先生的大腿不幸中了一枪。
“拉姆，快！”他已经顾不上那么多了，只要不落到英国人手里就行了。由于“剑鱼”只有一个坐舱，佩特雷特只有将双脚塞进坐舱里面，大半个身体坐在机舱外面。
拉姆的012号鱼雷机开始转向、滑行并很快重新飞上了天空。
“拉姆，我们不能将飞机留给英国人，让轰炸机将它炸了！”佩特雷特的愿望是美好的，可惜在他们与英国人玩“跑得快”的时候，其他飞机已经将炸弹全部丢了出去，最终他们还是用机枪向011号扫射了两遍才无奈地离开了。
不过值得庆幸的是，在011号被“汤顿”号驱逐舰击落之后，这艘英国驱逐舰也被011号投下的鱼雷击中，整条战舰前半部分被炸得像条咧开嘴巴的大鲨鱼，半分钟之内已经全部沉没，而副航道中的另外一艘轻巡洋舰“雷丁”号遭到两枚鱼雷的袭击，此时也已经静静地坐在水底，只留下一点桅杆。
12点58分，第三波空袭飞机发回报告，斯卡帕弗洛航道堵塞任务已经完成！
与011号“剑鱼”鱼雷机和幸运的佩特雷特相比，另外1架“海鹰ii”和它的飞行员汉克就要不幸得多，045号“海鹰ii”在扫射港湾内的一艘驱逐舰是同样遭到对方机枪的反击，汉克当场头部中弹身亡，045号在摇摇晃晃飞行了一段距离之后，突然一个跟头栽入港湾之内，045号成为德国海军在空袭中损失的第二架飞机，汉克也成为空袭中唯一一名壮烈殉国的飞行员，在战斗结束后，德皇追授了他一枚一级铁十字勋章。
斯卡帕弗洛港外，杰利德上将正指挥着已经出港的舰队散开以规避飞机的进攻。航道堵塞的报告让他大为吃惊和恐慌，港内尚有2艘无畏舰、3艘装甲巡洋舰、3艘轻巡洋舰、27艘驱逐舰在未来一个星期之内只能老老实实地呆在港内，如果自己不尽快消灭起降飞机的德国轮船，这些英国海军的宝贵财产就将一点点被德国的空中恶魔吞噬掉，箭在弦上，已经不得不发了。
1点10分，对英国斯卡帕弗洛港的第三波空袭，也是最后一波空袭结束。港内乌烟四起，出来堵塞航道的1艘装甲巡洋舰、1艘轻巡洋舰和2艘驱逐舰被击沉之外，港内的另外1艘装甲巡洋舰被炸伤。航道被堵塞之后，部分鱼雷机还对港外集结的舰队发动了小规模的攻击，它们向“乔治五世”号发射了两枚鱼雷，一枚被其规避，另一枚居然被1艘英国驱逐舰“舍身堵枪眼”。另外，还有1架“鸵鸟i”轰炸机在英国舰队上空投下了无数纸片，上面写着“英国佬，你们的无能让纳尔逊的在天之灵不得安息！”
1点15分，英国大舰队旗舰“乔治五世”发出信号：舰队启航，航向正东偏南40度，各舰注意规避德国飞机的鱼雷和炸弹攻击。大英帝国海军无敌！大英帝国海军必胜！