轩辕大军陷入了迷雾之中，幸好轩辕麾下的能人风后在北斗七星的启示下，发明了指南车，才冲出大雾。
而后清虚以混元幡带轩辕麾下的大军赶上并拦住了九黎大军，一场大战，最终九黎惨败，风伯、雨师虽在九凤的协助下受伤逃脱，但蚩尤却是被广成子等人困住，最终被生擒，死在了轩辕手中的屠巫剑之下。
平定了九黎部落之乱，人族经过此次大战，终于一统，结束了部落联盟时代，轩辕划野分疆，重定国都，以冀州为天下中心，设官司职，制礼兴乐，教化百姓。
同时这一时期还发明了各种器具用物，方便了日用。其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子，百姓们从此不再传兽皮树皮。轩辕还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟楫使之行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。制作釜灶，使得百姓可以蒸饭煮粥，造了屋舍，筑城邑
轩辕又与岐伯作内外径，使百姓疾患治疗有理可依，还确定了天下万物的名称，划分星度为二十八宿，以甲乙十天干纪日，以子午十二时辰来纪月，以六旬为一甲子。
在政治，农业等方面，轩辕也是提出了很多创造性的想法和举措，其正妃嫘祖发明了养蚕，次妃嫫祖发明了缠丝的纺轮和织丝的织机。
完成了人族各方面的革新创造后，轩辕又开始巡视天下，封禅泰山
巡视天下后，想自己该做的都已经做完了，便想求长生之术，遂向广成子和玄女询问修道养生之法
数十年后，人族的生活越来越好，手中也都有了一些剩余物品，还是以物易物的方式来换取自己需要的物品，可物品之间的差价却是成了人族交换的阻碍。
适逢神农氏之女女娃随孔宣修行有成，更得修罗老祖宠爱，赐予量天尺和落宝金钱这两件先天灵宝。女娃来到人族游历，摆放轩辕之时，见到她这两件先天灵宝特殊的轩辕，心中一动，顿时想到了解决人族交易问题的方法，那就是发明尺寸度量衡，以及交易所用的金钱。
自此，人族愈发兴盛，商贸也是繁荣起来，轩辕的威望也越来越高，有感自己将功德圆满，欲要寻找能够继承自己共主之位的大贤时，却一直找不到何时的，最终只好将共主之位传于自己的孙子高阳氏，也就是五帝之一的颛顼了。
另外值得一提的是，黄帝时期，左史官仓颉造字，让人族有了文字传承，功德无量，堪称大贤。若非仓颉没什么治理政务之能，轩辕都有心要将共主之位传于他了。
不过，仓颉双瞳四眼，天生奇象睿智，也是蒙清虚看中收为弟子。而清虚也是因收此大贤门人，得玉帝册封为清虚道德真君。
轩辕治世，功德圆满，人皇归位，得到的功德比神农氏还多，虽说轩辕独得七成，但广成子等人也得了不少功德，甚至女娃连同其手中的两件先天灵宝都得到了些功德。轩辕手中的屠巫剑，同样得到功德化为后天功德至宝，也成为了人族至宝轩辕剑。
广成子得到的功德，却是被其将大半都打入了番天印中，使得番天印成了后天功德灵宝，威力大增，且杀人不沾因果。