桓玄此番操作让门阀世家怀恨在心，对于门阀士族来说，他们不在意谁做天子，更在意家族的延续，所以对桓玄篡位反对并不激烈。
一般说来新帝登基会对旧朝臣子加以笼络，不说升官迁爵，也不至于降爵，桓玄此举触及门阀利益，在有心人的推动下，建康城内舆论纷纷，讥讽桓玄位不才授、爵以爱加，必不能长久。
朝堂上的重职也被授于桓玄亲信，桓谦为扬州刺史、侍中、卫将军、开符、录尚书事；王谧为散骑常侍、中书监(1)、领司徒；会稽内史王愉调任尚书仆射；其子王绥为中书令；桓胤为吏部尚书；王嘏为领军将军。
王愉之妻是桓玄的姐姐，王绥是桓玄的外甥，王嘏是王导曾孙，与被贬岭南的司马元显王诞是堂兄弟，两人的祖父是王导之子王恬。琅琊王氏，无论谁为帝，都有人在朝堂为官，为家族
十二月七日，桓玄乘楼船从姑孰前往建康，西北风强劲，将船上的旌旗仪饰全部吹倒。
十二月八日，桓玄抵达建康，歇息在太极殿西堂，设龙角绛绫帐，镂黄金龙衔五色羽葆流苏，极尽华贵。
百官入内参拜，看到龙角绛绫帐，窃窃私语道：「此帐似轜车，与王莽的仙盖差不多，乃亢龙有悔(2)之兆。」
十二月九日，桓玄升坐太极殿，接受百官朝贺。此时的桓玄已重逾四百斤，坐在龙榻之上，将坐榻压塌。
众臣面面相覤，不敢做声。侍中、左卫将军殷仲文出班贺道：「恭贺万岁，陛下圣德深厚，地不能载。」
桓玄大喜，下旨重赏殷仲文。
天下人皆知桓玄欲篡，等到桓玄代晋称帝，雍州刺史杨安玄再发檄文，号召天下有志之士共同讨桓。
正当雍州境内厉兵秣马，杨安玄准备亲率大军南下之时，秦国出兵了。
尹纬回到长安后，陈说在襄阳、建康见闻，力劝姚兴趁雍州羽翼未丰之际，先行扫除大患，齐王姚崇、镇东将军杨佛嵩大力赞同。
十二月十日，前秦兵马兵分两路，以中军将军、齐公姚崇，镇东将军杨佛嵩领轻骑两万，步卒三万出上洛攻打雍州南乡郡丹水城；以卫大将军、常山公姚显，尚书左仆射尹纬率轻骑一万，步卒四万夺取洛阳。
得知秦军攻雍的消息，杨安玄气恼至极，重重地拍打着案几，骂道：「混蛋，可恶至极。」
见杨安玄少有地失态，王镇恶不解地问道：「主公，兵来将挡，秦国虽以十万大军犯边，但雍州兵强马壮，粮草充足，上下同心，百姓皆愿为主公死战，何惧秦兵？」
杨安玄慨然叹道：「愚并非惧怕秦兵，只是秦军犯境，雍州必须全力应对，无力讨伐篡位逆贼，奈何。」
按照史书记载，明年二月刘裕便会在京口起军反桓，然后摧枯拉朽般地将桓玄所建的大楚王朝覆灭。
一想到刘裕起军时不足二千人，杨安玄心中便隐隐作痛，雍州兵马过十万，大军南向定能所向披靡，若是灭楚兴晋之功在己手，将来再北伐成功，便能像刘裕那样顺理成章地取晋而代之。
可恨秦国插上一脚，让自己错失良机，等刘裕建立功勋，平定南方之乱，自己将来免不了要与他交手争夺天下。
桓玄不过借助父辈声威，德才远不及其父，麾下可用之才更远不如，加上门阀士族与其离心，故而刘裕能与千余众驱逐桓玄。
杨安玄不在意桓玄，却深忌刘裕。刘裕雄才大略，是当之无愧的英雄，更兼麾下猛将谋士如云，一旦此人得遇风云，以重兴晋室之功号令天下，将来必定成为自己的劲敌。
阴友齐从京中送来信息，说桓玄要将晋帝迁往浔阳居住，杨安玄原打算率军接晋帝到襄阳，那样他便能像曹操一样挟天子以令诸侯了。
世事难料，杨安玄长叹而起，看来上天不肯让自己轻易夺取天下。
多思无益，杨安玄派将御敌。以孟龙符为将，率一万步卒，三千轻骑前往洛阳，听从河南太守杨安远指挥；命荥阳太守胡藩领荥阳、颍川、襄城三郡兵马五千驻于偃师，与平柏谷裴、严两家严防秦军东进；让杨安远召屯军一万防守洛阳城，并派遣洛阳、水师由水路袭拢长安。又以王镇恶为主将，蒯恩为副将，张锋、沈庆之等人随军出战，率步卒一万五千，轻骑三千，重骑四百，征屯军三万前往丹水城。
杨安玄对王镇恶道：「去年秦师犯境掳走数千百姓，此次再度来袭，镇恶当率军痛击之，趁机夺取上洛等地。」
王镇恶慨然应道：「主公放心，愚定不负主公所托。」
大军开拔，杨安玄让各地官府张贴檄文，历数胡人以汉人为「两脚羊」、任意奴役屠戮的罪状，让学庠教师告诉孩童，汉人「绝不为奴」。
一时间，前往官府要求应征入伍的青壮络绎不绝，那些被救回来的汉奴更是痛哭流涕，主动跟着北上的大军前进，帮着运送粮草物资，王镇恶等人深为赞服。
此次杨安玄并没有随军出征，他自问冲锋陷阵不弱于人，但要运筹帷幄、排兵布阵并不见得比王镇恶、孟龙符、胡藩等人强，而且身为主将坐镇襄阳，有安定人心的作用。