灭掉时溥占据徐州，朱全忠一刻不停的派遣大将庞师古，率军从徐州攻向兖州（山东省济宁市衮州区）。
看了后唐史，我觉得朱全忠与李克用相比，是个很有战役头脑的指挥员，走一步看三步，且每一步都经过深思熟虑，因此往往事半功倍。
而李克用只算个战术指挥员，善打硬仗和无准备之仗，往往打哪儿算哪。所以他们两人交手，从局面上看李克用似乎胜多败少，但占便宜的却总是朱全忠。
在消灭秦宗权、时溥和朱氏兄弟上，也是有着谁先谁后的逻辑顺序，并不是想当然。
拿下徐州，战略转圜空间更大，不仅可从南、北两个方向夹击郓（山东荷泽市郓城县）、兖，从而夺占整个鲁地；还可为下步角逐江淮做好铺垫。
庞师古没有辜负朱全忠所托，到达兖州后（山东济宁市衮州区），屡次击败泰宁军节度使（山东南部，治所衮州）朱瑾。
乾宁元年（894年）二月，朱全忠率军从汴州出发，屯驻鱼山（山东聊城东阿县西南），向天平军节度使（治所军郓州，今山东荷泽郓城）朱瑄发起进攻。
朱瑄与朱瑾合力迎战，但因有庞师古在兖州方向的牵制，朱氏兄弟大败，被斩杀一万余人。朱全忠为瓦解敌军士气，将敌军尸体在鱼山下筑成京观示众。
五月，惊慌失措的朱瑄、朱瑾向河东节度使（治所山西太原）李克用求助。
李克用此时正与吐谷浑首领赫连铎，在云州（山西大同）交战正酣无暇顾及，只派骑兵将领安福顺、安福迁两兄弟，带五百精骑渡河接应。
乾宁二年（895年）正月二十五，朱全忠义子朱友恭进围兖州。朱瑄从郓州出兵救援，在高梧（今郓城县北）被朱友恭设伏击败，粮草辎重尽失，前来支援的河东安氏兄弟也被朱友恭生擒。
二月二十一日，朱全忠进至单父（山东荷泽单县）屯驻，声援朱友恭。
九月十八日，朱全忠所部在梁山（山东济宁梁山县）击败朱瑄，朱瑄只得放弃救援兖州，退守郓州（山东荷泽郓城）。
十月，见兖州久攻不下，朱全忠再派大将葛从周加强力量，并亲率主力增援。二十日，宣武军将兖州围了个水泄不通。
郓、兖两州唇齿相依。朱瑄眼见兖州危急，派将领贺瑰、柳存，会同河东大将薛怀宝，率万余人南下奔袭曹州（山东荷泽），想要采取围魏救赵的方式减弱兖州压力。
朱全忠闻讯，自中都（山东济宁汶上县）亲率大军连夜追赶，于黎明时分在巨野（山东荷泽下辖县）追上，一番激战过后，将这支军队俘斩殆尽，贺瑰、柳存、薛怀宝被俘。
十一月十八日，贺瑰等人被押往兖州城下游行，朱全忠派人向朱瑾喊话：“你哥已败，还不早降！”
朱瑾派使者诈降，朱全忠亲赴城下与朱瑾谈判。朱瑾说：“我愿献出符节和印章，恳请派我兄长朱琼进城领取。”
朱琼是朱瑾堂兄，时任齐州（山东济南历城区）刺史，已于前期归降朱全忠。
朱全忠见他肯降，便答应了他的请求。谁知朱琼刚到城下，便被提前设伏的猛将董怀进抓入城内，没多久朱琼那颗带血的人头便从城中扔了出来。朱全忠大怒，当即斩了柳存、薛怀宝。因贺瑰素有声望，将其收入麾下效力。
十二月，朱全忠离开兖州，留下葛从周继续围攻。朱瑾闭关不战、固守待援。
葛从周强攻无果心生一计，让人造谣说朱瑄和李克用的救兵马上就到，葛大帅已带兵前往西北堵截。为使谣言看起来像真的，留下部分兵力驻守营寨，亲率主力大张旗鼓往西北方向而去。后又趁人不备，于半夜时分悄然返回。
这一招完美欺骗了朱瑾，让朱瑾做出了葛从周已走的错误判断，随即出城进攻宣武军大营。结果可想而知，被早已准备好的葛从周打的铩羽而归，死伤千余人。
在宣武军的持续打击下，郓、兖全境无法耕种，财力俱疲，只得再次向河东（治所山西太原）李克用求救。