随着赫尔曼的命令下达，热兰遮城和安东尼堡在经过短暂的慌乱后做好战争准备，城门紧闭，城中所有人动员，军队严阵以待，准备借助坚固的城池和堡垒同明军抗衡。
此外派出去送信的人也及时离开了，至于能不能抵达巴达维亚，或者巴达维亚那边得知消息后究竟需要多久才能援军赶到，这个赫尔曼就无法保证了。
可作为军人，他已经做了应该做的一切，而且接下来的时候他也没闲着，不仅把最信任的两位军官——菲利普上尉和贝德尔上尉分别安排在热兰遮城和安东尼堡，以确保两城的防御，还亲自坐镇热兰遮城，等待着后续大战的到来。
兵贵神速，作为明军总指挥的施大瑄当然明白这个道理，可是战争进行到这一步，之前的突袭战法已完全没有作用了。
如果说拿下澎湖和台江靠的是大明打了荷兰人一个出其不意，但在拿下台江之后接下来就不可能再有这样的好事了，面对已经得知大明进攻小琉球并且登陆消息的荷兰人已做好了准备，再加上热兰遮城和安东尼堡为依托，荷兰人是绝对不会轻易投降的。
对于这点施大瑄心里非常清楚，所以在登陆之后他并没有忙着马上发起进攻，毕竟军队还需要修整和战前准备。等到翌日，完成了整军的施大瑄这才下达了命令，让施琅继续率领水师控制港口并驻守澎湖，防备荷兰人的援军从海上而来，而陆军方面洪旭和甘辉各领一部，分别进攻热兰遮城和安东尼堡，意图正面击破两城，彻底解决岛上的荷兰人军力。
洪旭负责的是热兰遮城，甘辉进攻安东尼堡，施大瑄坐镇中居中指挥，大战终于爆发。
第一日的战争异常激烈，无论是热兰遮城还是安东尼堡，两城的荷兰人都表现出了顽强抵达的意志，而且借着城墙和工事的优势，利用火器优势和进攻的明军打的有来有回。
虽然明军在人数上占据了绝对优势，可毕竟荷兰人的城池修筑的非常坚固，再加上城池的堡垒结构又有着独到之处，火器也极为先进，依靠正常攻城手段根本不是那么容易拿下的。
在起初的尝试进攻中，明军吃了点亏，见情况不对明军立即调整了战术，利用所携带的火器和荷兰人对轰，同时以兵力优势包围住两城，一方面给城中的荷兰人施加压力，另一方面也是用这方式找寻对方防御的薄弱之处，以点破面，攻进城中。
这样一打就是好几日，双方互有伤亡，可明军却始终没能拿下两城。见战况进展不利，施大瑄考虑后再一次调整战术，让进攻热兰遮城的洪旭暂缓进攻，用几千兵力对其进行围困，而其余部队先全部调至安东尼堡，先集中全力拿下安东尼堡再说。
相比热兰遮城，安东尼堡的位置更近台江港，而且它对明军的威胁也更大些。如果不能先解决安东尼堡，一旦时间拖久了荷兰人万一援军抵达，明军就要面临两面夹击，这对于明军是极其不利的。
哪怕明军的军队数量远大于荷兰人，可荷兰人也不是吃素的，依仗城市和火器的便利始终和明军打的有来有回，荷兰人躲在城里，城防尤其坚固，而且城中粮食水源也不缺，只要牢牢守住，时间越久越不利明军。
鉴于这个实际情况，施大瑄决定对安东尼堡采取重点进攻，不仅调集了主要兵力继续围攻安东尼堡，还把全军八成的火器全部调到了这边。这样一来，安东尼堡所承受的压力一下子大了数倍，原本以安东尼堡的荷兰军力就很难支撑了，如果不是指挥官贝德尔上尉应付得当，率部拼死抵抗的话，安东尼堡早就守不住了。
这样又打了两日，安东尼堡的荷兰军队死伤惨重，在开战前安东尼堡荷兰人有两千人不到，但开战后为确保兵力不多的热兰遮城防御，赫尔曼对两地的兵力进行了调整，所以安东尼堡此时的军队数量只有一千三百人左右，此外就是居住在安东尼堡的普通荷兰人还有投靠荷兰人的当地人和被裹挟的一些明人了。
近十日的战争中，安东尼堡在明军的进攻下已伤亡了三百多人，这个数字从一千三百人的总数来说虽然不算太多，可要知道在战争中一般来说伤亡数额达到百分之二十部队就有失去战斗力的危险，而达到百分之三十的话，基本部队就面临崩溃了。